【发布时间】：2013-12-07 05:50:23
【问题描述】：
我正在使用R package NMF 对微阵列表达数据执行非负矩阵分解。我很好地完成了nmf 程序，但想从基础矩阵中提取基因名称（特征）。基矩阵是nmf 之后的结果矩阵之一，行为基因名称，列为元基因数（分解等级）。
该包有一个称为extractFeatures() 的函数，它将对矩阵进行评分并返回符合我评分标准的特征（基因名称）。假设在运行 NMF（最终的 NMF 对象称为 x）后，我有 4 个元基因列（秩 = 4）作为基础矩阵。当我运行s <- extractFeatures(x) 时，我得到一个 R“列表”，其中包含 4 个包含整数的向量：
> class(s)
[1] "list"
> str(s)
List of 4
$ : int [1:575] 569 4857 4 51 91 9627 6359 2522 118 163 ...
$ : int [1:243] 3 1 11834 106 2 52 3855 1103 6 1510 ...
$ : int [1:37] 11922 11890 11521 11888 11648 11388 9340 11520 9854 11670 ...
$ : int [1:808] 6123 9125 11918 10432 9674 2109 11802 8372 11746 6996 ...
- attr(*, "method")= chr "kim"
（对于下面的代码，为简洁起见，删除了一些结果）
> s
[[1]]
[1] 569 4857 4 51
[[2]]
[1] 3 1 11834 106 2 52 3855 1103 6 1510 14 49
[[3]]
[1] 11922 11890 11521
[[4]]
[1] 6123 9125 11918 10432 9674 2109
问题 1： 这些整数是什么？它们应该是我矩阵中的“特征”（即基因名称）。为什么它们是整数而不是基因名称？这些整数在某种程度上与我的基因名称相对应吗？
问题 2：
如何从每个单独的载体中分离基因名称（在s 列表中）。例如，我想获取第一个元基因的唯一基因名称（575 个特征），然后只获取第二个元基因的基因名称（243 个特征）等等。
任何想法将不胜感激。谢谢！
【问题讨论】：
标签： r sparse-matrix