R 中 NMF 包中的 extractFeatures() 返回 microRNA 数据的空列表

Question

我正在使用 R 中的 NMF 包对 RNAseq/microRNAseq 数据执行非负矩阵分解。

我的第一次尝试是使用已记录的 RNAseq 数据（FPKM 数据矩阵），删除空行并转换以适应非负性要求。这很好用。 extractFeatures() 函数返回一个索引列表，然后我可以使用它来列出每个特征中的基因并执行功能（基于 GO）分析。耶！

然后，我决定尝试使用与 RNAseq 数据完全相同的方式处理的 microRNA 数据（同样是 FPKM 数据矩阵）。

数据看起来像这样

                   SampleA      SampleB     SampleC     SampleD     SampleE
hsa-let-7a-2-3p    0.000000    0.000000    0.000000   0.8858701    0.000000
hsa-let-7a-3p      8.723701   10.169876    8.041837   8.3992046    8.109053
hsa-let-7a-5p     14.996682   12.861308   13.739875  14.0245517   13.901233
hsa-let-7b-3p      4.911069    0.000000    5.399995   5.7433124    5.553784
hsa-let-7b-5p     11.758403   10.788349   11.648344  12.0864421   11.909324
hsa-let-7c        10.480125    6.378711   11.214152  10.2060951   10.852412

我已经完成了排名优化步骤并找到了最佳排名（此处为 4）。在此之后，我像这样运行 nmf 函数（可能是最简单的版本）。

res.mir <- nmf(data,4)

然后，我尝试从这个对象中提取特征，我得到了这个....

> s<-extractFeatures(res.mir)
> s
[[1]]
<NA>
  NA

[[2]]
<NA>
  NA

[[3]]
<NA>
  NA

[[4]]
<NA>
  NA

attr(,"method")
[1] "kim"

我唯一能获得特征索引的时间是在我使用的时候

s1<-extractFeatures(res.mir,method="max")
> s1
[[1]]
<NA>
  NA

[[2]]
[1] 923

[[3]]
[2] 258  20 308 561 591

[[4]]
<NA>
  NA

attr(,"method")
[1] "max"

但是，在这种情况下，我只获得了一些特征的索引，而不是全部 4 个。奇怪的是我可以看到 4 个特征！

问题

1. 对于如何从 NMFfitX1 对象中获取功能有任何建议吗？
2. 或者，有谁知道为什么我返回一个空列表？

非常感谢您的宝贵时间！

Answer 1

尝试extractFeatures(res.mir, 30)，这意味着每个组件中的前 30 个功能。但我没有弄清楚为什么它返回 NAs 默认值。