在 Python 中打开 .mat 文件的子部分答案

【问题标题】：Opening subsections of a .mat file in Python在 Python 中打开 .mat 文件的子部分
【发布时间】：2020-05-02 07:21:21
【问题描述】：

背景：我正在与一位教授合作将一些 MatLab 脚本转换为 python（同时学习 python），所以我为我的菜鸟道歉。

我正在尝试在 python 中读取 .mat 文件。这是我的示例代码；

import numpy as np
from scipy.io import loadmat

isochrones = loadmat('isochrones.mat')

现在这个 .mat 文件包含一个 1x1 结构的变量“isoc”。在该变量内部还有两个结构，“e8”和“e9”。

我无法进入“e8”和“e9”小节。它们充满了更多的 1x1 变量，包括更多等等。

isoc = isochrones['isoc']
e8 = isoc['e8']
e9 = isoc['e9']

我能够做到这一点，但在那之后我被卡住了。当我打印出“e9”的内容时，它会列出其中的所有数据值，并打印包含的 dtype，其中可以看到“e9”变量中的文件。

这是一个包含 .mat 文件的 google 驱动器链接：https://drive.google.com/open?id=1kpZsHBtWll-HMd28zQ12L8v1ahWClCaM

【问题讨论】：

isoc 是结构化数组（使用字段名称进行索引）、0d 对象 dtype 数组（使用 item() 或 [()] 进行索引）和二维数组（有些可能是 (1,1 ）形状）。您只需检查每个级别的dtype 和shape 并使用适当的索引。
在 stackoverflow.com/questions/61542500/… 中，我展示了 MATLAB/Octave 结构与 numpy 数组（和字典）的关系。根据 MATLAB 端，numpy 端可能是相当复杂的数组嵌套。

标签： python matlab scipy

【解决方案1】：

我查看了 .mat 文件：

e8[0][0][0][0][0]对应isoc.e8.one：即[[B], [V], [logage]]

e8[0][0][0][0][1]对应isoc.e8.two：即[[B], [V], [logage]]

e8[0][0][0][0][0][0][0][0] 将提取 isoc.e8.one.B 即[14.591, ..., -1.415]

e8[0][0][0][0][0][0][0][1] 将提取 isoc.e8.one.V 即[13.014, ..., -2.990]

e8[0][0][0][0][1][0][0][0] 将提取 isoc.e8.two.B 即[14.590, ..., 0.818]

基于@hpaulj 所说的内容，以及加入我提出的列表列表的一些研究：

import pandas as pd
from scipy.io import loadmat
import itertools
isochrones = loadmat('isochrones.mat')

isoc = isochrones['isoc']

e8 = isoc['e8']
e9 = isoc['e9']

keys = ['one', 'two', 'three', 'four', 'five', 'six', 'seven', 'eight', 'nine']

e8_dict = {}
e9_dict = {}
for i in range(len(keys)):
    e8_dict[keys[i]] = [list(itertools.chain.from_iterable(j)) for j in e8[0, 0][0, 0][i][0, 0]]
    e9_dict[keys[i]] = [list(itertools.chain.from_iterable(k)) for k in e9[0, 0][0, 0][i][0, 0]]


e8_df = pd.DataFrame.from_dict(e8_dict, orient='index', columns=['B', 'V', 'logage'])

e9_df = pd.DataFrame.from_dict(e9_dict, orient='index', columns=['B', 'V', 'logage'])

因此，isoc.e8.one 的数据可以通过e8_df.loc['one'] 访问 isoc.e8.one.B 的数据可以通过 e8_df.loc['one']['B'] 访问，它返回 B 数据的数组。

下图显示了 e8_df 的打印输出

【讨论】：

零组对应什么？当e8中有9个文件时，为什么会有'e8[0][0][0][0][0]'？
其中一些[0][0] 索引一个（1,1）数组吗？如果是这样，使用[0,0] 语法会更清晰。