结合 numpy 数组和掩码

Question

我有以下问题。知道使用 numpy 我可以使用 genfromtext 读取数据文件。然后我可以使用掩码（从字典中）从中选择记录。

>>> gln = a[a['AA2'] == 'GLN']
>>> gln['mean'].mean()
62.805000305175781

如何使用数组组合而不是从磁盘读取数组来做到这一点？

x=[]
y=[]
ov=[]
aa=[]

a = numpy.array(x,y,ov,aa)         <== does not actually work
gln = a[a[3] == 'GLN']
gln['mean'].mean()

我如何让它工作？

Answer 1

请记住，在 Python 中，[] 生成的对象通常称为list，而不是array。因此，考虑到这一点，我假设您真正的问题是“如何将 4 个独立的 python lists 转换为二维 numpy 数组？”

答案取决于您希望lists 在数组中的布局方式。假设每个列表代表一行，您可以这样做：

>>> x = range(0, 4)
>>> y = range(4, 8)
>>> ov = range(8, 12)
>>> aa = range(12, 16)
>>> numpy.array([x, y, ov, aa])
array([[ 0,  1,  2,  3],
       [ 4,  5,  6,  7],
       [ 8,  9, 10, 11],
       [12, 13, 14, 15]])

或者，如果每个列表代表一列，您可以这样做：

>>> numpy.array(zip(x, y, ov, aa))
array([[ 0,  4,  8, 12],
       [ 1,  5,  9, 13],
       [ 2,  6, 10, 14],
       [ 3,  7, 11, 15]])

然后，您可以像使用由genfromtxt 生成的array 一样使用布尔索引：

>>> a = numpy.array(zip(x, y, ov, aa))
>>> a[a == 1]
array([ 1,  5,  9, 13,  3,  7, 11, 15])

您可能正在寻找将x、y、ov 和aa 组合成数组的其他方式。在这种情况下，您将不得不指定列表中的内容以及所需输出的形状。