从 HDF5 文件中读取：3D 数据到内存中的 1D 矢量答案

【问题标题】：Reading from an HDF5 file: 3D data into 1D vector in memory从 HDF5 文件中读取：3D 数据到内存中的 1D 矢量
【发布时间】：2016-07-01 06:12:16
【问题描述】：

是否可以使用特定的内存空间布局将 HDF5 文件中的 3D 数组读入 C++ 中的 1D 数组/向量？

我试过了：

H5File file(file_name, H5F_ACC_RDONLY);
DataSet dataset = file.openDataSet(dataset_name);
DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
hsize_t dim[3];
dataspace.getSimpleExtentDims(dim, NULL);

hsize_t memdim[1];
memdim[0] = dim[0] * dim[1] * dim[2];
DataSpace memspace(1, memdim);

vector<float> data_out(memdim[0]);
// set the memory layout to 1D
dataset.read(data_out.data(), PredType::NATIVE_FLOAT, memspace, dataspace);

但是向量没有正确填充。我认为可能有一个默认映射。也许没有？如何指定一个？

【问题讨论】：

为什么说“向量没有正确填充”？也许这就是你索引它的方式是错误的？

标签： c++ hdf5

【解决方案1】：

事实证明，问题在于即使您读入 1D 数组，您仍然会将 3D 数据空间传递给 dataset 的 read 方法。

H5File file(file_name, H5F_ACC_RDONLY);
DataSet dataset = file.openDataSet(dataset_name);
DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
hsize_t dim[3];
dataspace.getSimpleExtentDims(dim, NULL);

hsize_t memdim = dim[0] * dim[1] * dim[2];;

vector<float> data_out(memdim);
//use the same layout for file and memory
dataset.read(data_out.data(), PredType::NATIVE_FLOAT, dataspace, dataspace);

【讨论】：