如何使用 ncrcat 或 cdo 与打包的 netcdf 文件合并答案

【问题标题】：How to concatenate using ncrcat or cdo merge with packed netcdf files如何使用 ncrcat 或 cdo 与打包的 netcdf 文件合并
【发布时间】：2020-07-29 21:19:21
【问题描述】：

我有 ERA5 文件，我正在尝试将它们连接成月度文件。似乎文件已被打包以减小大小，从而使文件中的数据类型变短。当我尝试 ncrcat 时，它会警告遇到包装属性 "add_offset"，然后将所有文件连接在一起。但是，数据的值变得混乱。我尝试使用 ncpdq -U 解压缩文件，然后 ncrcat 连接哪个有效。但是生成的文件太大而无法使用，当我尝试 ncpdq 重新打包生成的文件时，我收到 malloc() failure 这似乎与内存/RAM 问题有关.

我也尝试过 cdo merge，奇怪的是它对大多数连接都非常有效，但是一些文件失败并输出此错误 "Error (cdf_put_vara_double): NetCDF: Numeric转换无法表示”

那么有没有办法在这些文件仍然打包的时候连接它们，或者至少有一种方法可以在连接大文件后重新打包它们

【问题讨论】：

您能否添加指向失败文件的链接？
但同时我建议将 -f 32 添加到您的 cdo 命令中
当然@Robert，我在这里上传了几个文件。当我对这两个文件执行ncrcat时，切换到下一年时生成的文件会有不同的值drive.google.com/drive/folders/…
我很快就尝试cdo mergetime 可以处理这两个文件
是的，但是我发现了两个 cdo mergetime 不起作用的文件。我在这里上传了它们。 drive.google.com/drive/folders/…

标签： nco cdo-climate

【解决方案1】：

您可以尝试 netCDF4 压缩，而不是在连接后重新打包大文件，例如，

ncpdq -U -7 -L 1 inN.nc in_upk_cmpN.nc # Loop over N
ncrcat in_upk_cmp*.nc out.nc

祝你好运！

【讨论】：

【解决方案2】：

数据打包时，CDO经常会因为精度损失太大而抛出错误，

cdo -b32 mergetime in*.nc out.nc

应该做到这一点并避免错误。如果你想压缩文件，你可以试试这个：

cdo -z zip_9 copy out.nc out_compressed.nc

【讨论】：