无法调试可能的 Rcpp 内存泄漏答案

【问题标题】：Having Trouble Debugging Possible Rcpp Memory Leak无法调试可能的 Rcpp 内存泄漏
【发布时间】：2019-08-06 01:30:40
【问题描述】：

我正在使用名为RcppCoDA的 RcppEigen 编写一个 R 包

我认为我的项目中某处可能存在内存泄漏，但我不确定。不幸的是，我在运行 Valgrind 时遇到了麻烦，因为它似乎不支持 OS X Mojave，而且我遇到了详细的错误 here。

我认为重现错误应该很容易：

library(RcppCoDA) # devtools::install_github("jsilve24/RcppCoDA")
library(microbenchmark)

d <- c(100,1000)
X <- matrix(abs(rnorm(prod(d))), d[1], d[2])
X <- clo(X)

# This runs fine
z <- RcppCoDA::alr(X, d=4)

# This for some reason takes forever to run... I think this might be a bug
for (i in 1:1000){
  z <- RcppCoDA::alr(X, d=4)  
}


# This causes RStudio to crash... or takes forever to run...
microbenchmark(
  RcppCoDA::alr(X, d=4), times=10
)

我一遍又一遍地重读代码，不知道我怎么会出现内存错误，除非我只是以某种方式滥用 Rcpp...不幸的是，因为我似乎无法让 Valgrind 工作as outlined here我我真的不知道如何调试。我什至不确定我的代码或其他地方是否存在错误。

任何帮助将不胜感激！

【问题讨论】：

在 macOS 上安装 Docker。在容器中调试。或者以另一种方式获得 Linux shell。 Writing R Extensions 中强调这些工具是有原因的。
你可以试试rhub::check_with_valgrind()。如果这对您有用，您也可以在本地使用该特定 Docker 容器。
在 mac 上设置 docker 以进行 R 包开发的一些帮助：stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2019-August/078269.html
鉴于我大部分是通过电子邮件编写的，因此我将把它变成一篇博客文章 :) 这是一个简单的案例，尽管 Roger 只需要 gfortran-9。然而这里apt-get install valgrind 并不复杂......
那个博客现在在dirk.eddelbuettel.com/blog/2019/08/05#023_rocker_debug_example

标签： c++ r rcpp

【解决方案1】：

感谢一些有用的 cmets，我能够让 Valgrind 在 docker 映像中工作。

只是我如何做到这一点的概述：

我使用了 docker 镜像：rocker/rstudio
启动镜像/容器：docker run rocker/rstudio
运行时：在单独的终端中：docker ps
获取运行镜像的容器ID，然后运行：docker exec -it <containerID> bash
安装 valgrind 和 devtools 所需的许多其他东西
使用 valgrind 调试运行 R：R -d "valgrind --leak-check=full"
运行任何导致错误的代码并评估 valgrind 输出。

感谢您的帮助！

【讨论】：