deepchem中图卷积的输出答案

【问题标题】：Output of Graph Convolution in deepchemdeepchem中图卷积的输出
【发布时间】：2023-03-17 21:21:01
【问题描述】：

我正在使用Deepchem 为我的GraphConvolution 模型创建功能，如下所示。

import deepchem as dc
from rdkit import Chem
import numpy as np
import pandas as pd
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

smile = 'O=C(C1=CC=C(C=C1)C(O)=O)O'
molecules = []
molecules.append(Chem.MolFromSmiles(smile))
featurizer = dc.feat.graph_features.ConvMolFeaturizer()
mol_object = featurizer.featurize(mols=molecules)

现在我想知道输出mol_object。我知道dc.feat.graph_features.ConvMolFeaturizer() 返回一个数组对象。但它实际上对输入起作用。

所以featurizer.featurize(mols=molecules) 将molecules 作为输入。 molecules[0] 将打印以下图表。

因为molecules 是一个列表，它只包含一个位于索引0 的元素，即molecules[0]。这意味着dc.feat.graph_features.ConvMolFeaturizer()中的mols将此图像作为输入并输出mol_object。

mol_object 输出是什么，我如何才能看到它？是否表明它是一个数组但我看不到这个数组的内容？

print(np.shape(mol_object))
(1,)
print(type(mol_object))
<class 'numpy.ndarray'>
print(mol_object)
[<deepchem.feat.mol_graphs.ConvMol object at 0x7f96a68c6e48>]

我如何检查或查看[<deepchem.feat.mol_graphs.ConvMol object at 0x7f96a68c6e48>]？

【问题讨论】：

标签： deep-learning rdkit

【解决方案1】：

为什么不查看 ConvMol 对象的 source code？

特征化器的输出返回一个 ConvMol 对象数组（每个 rdkit 分子输入一个），即 deepchem.feat.mol_graphs.ConvMol，您实际要检查的是数组的第一个元素 mol_object[0]。

查看源代码，您可以了解包含哪些关于分子的信息，例如可以访问 ConvMol.atom_features 或在您的情况下为 mol_object[0].atom_features 的原子特征

【讨论】：