无法在 OS X 10.10.2 中看到由 python igraph 生成的图答案

【问题标题】：Unable to see a plot produced by python igraph in OS X 10.10.2无法在 OS X 10.10.2 中看到由 python igraph 生成的图
【发布时间】：2015-03-31 22:51:08
【问题描述】：

我正在尝试可视化使用 igraph 库创建的简单图形。在here 和here 之后，我已经为 Anaconda (2.7.8) 安装了 cairo 及其各自的绑定（当我输入 help('modules') 时我可以看到 cairo）。但是，当我在 sublime text 2 中运行我的代码时，我看不到图像，而是得到sh: open: command not found。我错过了什么吗？这是我的代码

import igraph


g = igraph.Graph([(0,1), (0,2), (2,3), (3,4), (4,2), (2,5), (5,0), (6,3), (5,6)])
igraph.summary(g)

print g.degree()
print g.edge_betweenness()


# Drawing a graph
layout = g.layout("kk")
igraph.plot(g, layout = layout)

【问题讨论】：

尝试使用：from igraph import * 然后直接使用plot(g, layout = layout)。

标签： python visualization igraph anaconda

【解决方案1】：

Sublime Text 2 在后台打开一个 shell 来运行你的 Python 代码。这个shell 似乎只在/bin（也许/sbin）中寻找可执行文件。 open 命令（igraph 需要打开 Preview.app 以显示绘图）位于 /usr/bin，这可能就是绘图在 Sublime Text 中不起作用的原因。

尝试在您的主目录中创建一个名为 .igraphrc 的文件，其内容如下：

[apps]
image_viewer = /usr/bin/open

这个文件告诉 igraph 使用/usr/bin/open 来显示绘图，而不仅仅是open。让我知道它是否为您修复了绘图 - 如果是，我将为下一个版本提交补丁。

【讨论】：

它不起作用。我得到了同样的sh: open: command not found 还有其他建议吗？
好的，所以我安装了 Sublime Text 2 并尝试使用 igraph 的 plot 函数显示绘图。它工作得很好，所以我很确定你的环境有问题。 open 命令是否从命令行工作？例如，从终端尝试open /Applications/iTunes.app。
当我输入 open /Applications/iTunes.app 时它可以工作，但是当我尝试构建 igraph 代码（可视化）时它显示 ConfigParser.MissingSectionHeaderError: File contains no section headers. file: /Users/username/.igraphrc, line: 1 '{\\rtf1\\ansi\\ansicpg1252\\cocoartf1344\\cocoasubrtf720\n'
您似乎在 TextEdit.app 中编辑了.igraphrc，然后将其保存为 RTF 格式。使用以纯文本格式保存的编辑器。

【解决方案2】：

open 命令丢失。 igraph 使用此命令打开生成的绘图（在终端中尝试open some_image.png，您应该会得到相同的错误）。我不确定如何在 mac 上获取 open 命令，但如果默认情况下不包含该命令，则它看起来像 igraph 中的一个错误，它正在尝试使用它。

您可以尝试使用 ipython 笔记本（conda install ipython-notebook; ipython notebook 然后在打开的浏览器中添加您的代码），它将显示内联图或尝试在finder 中自己保存并打开图。

【讨论】：

open 命令是 OS X 的一部分，因此不应在 OP 的机器上丢失它。但是，它位于 /usr/bin 中，并且可能是 Sublime Text 启动的 shell（它在其中运行 Python 代码）在路径中不包含 /usr/bin。