DNA 序列点图

Question

我目前正在编写一个脚本来在给出两个序列时创建一个点图。到目前为止，我可以得到一个可爱的 lil dotplot。

The X axis is: >HeaderOfSeq1

X = ATCGTAGCTACGTACGT
The Y axis is: >HeaderOfSeq2

Y = ATGCGATCGTGCTAC 

ATGCGATCGTGCTAC
===============|
\    \       \ |A
 \    \  \  \  |T
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
  \ \   \ \    |G
   \   \   \  \|C
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T

这是一个 --ascii 过滤器（没有过滤器 / 是匹配的字母），它也是脚本的一部分。不，我想要并且需要做的就是把它变成一个 matplotlib 图。

我有点卡在这一点上，我已经从 np 获取了两个具有所有可能组合的数组，我希望重叠并返回一个轮廓图可能相当简单，它可能基本上显示了上面的点图但是只是更漂亮。顺便说一句，Matplot 是一个要求，标准化等等。 由于它们的字符串格式，我无法对网格网格（无论如何我都知道）做任何事情，所以我被卡住了。

任何帮助将不胜感激！如果需要，我也会发布一些实际代码。

Answer 1

IIUC，你可以这样做：

X, Y = 'ATCGTAGCTACGTACGT', 'ATGCGATCGTGCTAC'
X, Y = np.array(list(X)), np.array(list(Y))

plt.imshow(X==Y[:,None])        # the magic happens here, contourf should work similarly
plt.xticks(np.arange(len(X)), X)
plt.yticks(np.arange(len(Y)), Y)
plt.show()

输出：