计算 dna 序列中的基序答案

【问题标题】：count motifs in dna sequence计算 dna 序列中的基序
【发布时间】：2016-12-10 08:33:33
【问题描述】：

我有这些序列：

GCAGGCATAGTCGGAACTGCTCTAAGCCTATTAATTCGAGCTGAGCTAAGCCAGCCTGGGGCTCTGCTCGGAGATGA
AGTGGGCTTGTTGGGACTGGTCTTTCTTTATTAATTCGTTTTGAGTTAGGCACTGTTGGAGTTTTATTAG---ATAA
GCAGGAATAGTTGGAACCGCCCTTAGCTTATTAATTCGAGCAGAACTCAGCCAACCTGGTGCCTTATTAGGGGATGA
GCTGGCATAGTAGGAACTGCCCTTAGCCTTTTAATTCGAGCAGAGCTCAGTCAACCCGGAGCCCTGCTCGGAGATGA
GCAGGAATAGTTGGAACTGCACTAAGCCTTTTAATTCGAGCTGAACTAAGCCAACCCGGAGCATTACTTGGAGACGA

它们实际上会更长，但不是不重要。

在给定motif/s 数量的情况下，我想估计序列的给定值。

我想计算给定序列中的一个（数量）motif/s，如"ATCGCGCGCGCTTTAAA"，然后使用该数字来估计该序列的值。

我知道您可以使用逻辑问题来询问给定序列是否具有主题，但我想计算它们。

谢谢

【问题讨论】：

标签： scoring dna-sequence

【解决方案1】：

EMBOSS Fuzznuc：http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.6/emboss/apps/fuzznuc.html

fuzznuc 在核苷酸序列中搜索指定的 PROSITE 样式模式。这种模式是要找到的（通常很短的）序列长度的规范。它们可以指定对精确序列的搜索，或者它们可以允许各种歧义，匹配可变长度的序列和重复的序列子部分。从文件中读取一个或多个核苷酸序列。输出是一个标准的 EMBOSS 报告文件，其中包括任何匹配的位置和得分等数据。

对于生物信息学问题，您应该咨询 biostars.org

【讨论】：