基于多条件向量的随机抽样R

Question

我有一个包含 150000 行和 3 列的大型数据框 SYN_data，分别名为 SNP、Gene 和 count。有一个包含 2545 个计数值的列表 r，其中还包括一些重复项。现在我需要从 SYN_data 中随机抽样 2545 行而不替换，其计数值与列表 r 中的相似。通过使用此代码，我可以成功地做到这一点：

test1 <- SYN_data[ sample( which( SYN_data$count %in% r ) , 2545 ) , ]

第二个条件是Genes的唯一长度应该是1671，总共2545行，意味着有些Genes有超过1个SNP。有什么方法可以将此条件合并到同一代码中，或者满足所有条件的任何其他代码都会非常有帮助。谢谢！

样本数据：

# list
r 
> 1,7,3,14,9

SYN_data$SNP <- c('1- 10068526', '1- 10129891', '1- 10200104', 
                  '1- 10200491', '1- 10470141', '1- 10671598')

SYN_data$Gene <- c('AT1G28640', 'AT1G29030', 'AT1G29180', 
                   'AT1G29180', 'AT1G29900', 'AT1G30290')

SYN_data$count <- c('14',  '9',  '3',  '3',  '7',  '1')

Answer 1

尝试使用以下方法：

library(dplyr)

no_of_rows <- 2545
no_of_unique_gene <- 1671
temp <- SYN_data

while(n_distinct(temp$Gene) != no_of_unique_gene) {
  gene <- sample(unique(SYN_data$Gene),no_of_unique_gene)
  temp <- SYN_data[SYN_data$V23 %in% unique(r) & SYN_data$Gene %in% gene, ]
}
part1  <- temp %>% group_by(Gene) %>% sample_n(floor(no_of_rows/no_of_unique_gene))
part2 <- temp %>% anti_join(part1) %>% sample_n(no_of_rows - nrow(part1)) 
final <- bind_rows(part1, part2)

现在检查length(unique(final$Gene))。

Answer 2

一种可能的方法是首先对 1671 个独特的基因进行采样，将数据集子集为共享这些基因并计数在 r 集合中的那些。这是data.table中这种方法的实现：

#had to create some dummy data as not clear what the data is like
set.seed(0L)
nr <- 15e4
nSNP <- 1e3 
nGene <- 1e4
ncount <- 1:14     
r <- c(1,3,7,9,14)
SYN_data <- data.table(SNP=sample(nSNP, nr, TRUE),
    Gene=sample(nGene, nr, TRUE), count=sample(ncount, nr, TRUE))

ncnt <- 2545
ng <- 1671

#sample 1671 genes
g <- SYN_data[, sample(unique(Gene), ng)]    

#subset and sample the dataset
ix <- SYN_data[Gene %in% g & count %in% r, sample(.I, 1L), Gene]$V1
ans <- rbindlist(list(
    SYN_data[ix],
    SYN_data[-ix][Gene %in% g & count %in% r][, .SD[sample(.I, ncnt - ng)]]))
ans[, uniqueN(Gene)]
#1662 #not enough Gene in this dummy dataset

输出：

      SNP Gene count
   1: 816 1261    14
   2:   7 8635     1
   3: 132 7457     1
   4:  22 3625     3
   5: 396 7640     7
  ---               
2534: 423 6387     3
2535: 936 3908     7
2536: 346 9654    14
2537: 182 7492     3
2538: 645  635     1