从文本文件中查找内容与某行匹配的文件答案

【问题标题】：Find files whose content match a line from text file从文本文件中查找内容与某行匹配的文件
【发布时间】：2020-04-06 11:00:12
【问题描述】：

我有一个文本文件 - accessions.txt（下面是这个文件的一个子集）：

KRO94967.1
KRO95967.1
KRO96427.1
KRO94221.1
KRO94121.1
KRO94145.1
WP_088442850.1
WP_088252850.1
WP_088643726.1
WP_088739685.1
WP_088283155.1
WP_088939404.1

我有一个包含多个文件的目录 (*.align)。

我想查找与我的accessions.txt 文本文件中的任何行匹配的文件名 (*.align)。

我知道find . -exec grep -H 'STRING' {} + 可以查找特定的字符串（例如，用WP_088939404.1 替换字符串会返回字符串WP_088939404.1 所在的每个文件名）。

有没有办法将STRING 替换为“我的文本文件中的所有字符串”？

或者

还有其他（更好的）方法可以做到这一点吗？

我试图避免编写一个循环来读取我所有文件的内容，因为它们太多了。

非常感谢！

【问题讨论】：

除了循环之外没有更简单的方法 - 您可以尝试解析 string1 \| string2 等，其中 \|表示“或”，但您可以做的另一件事是使用 grep -m1 这意味着一旦找到匹配项，它将“停止”搜索。

标签： linux bash grep find

【解决方案1】：

您正在寻找 grep 的 -f 选项。

find . -name '*.align' -exec grep -Fxqf accessions.txt {} \; -print

【讨论】：

【解决方案2】：

grep 可以获取与-f 匹配的模式列表。

grep -lFf accessions.txt directory/*.align

-F 告诉 grep 将这些行解释为固定字符串，而不是正则表达式模式。

有时，还需要-w 来防止匹配内部单词，例如

abcd

不仅可以匹配abcd，还可以匹配xabcd 或abcdy。有时，如果规则更复杂，需要对输入列表进行预处理以防止不必要的匹配。

【讨论】：