BioPython 遍历来自 fasta 文件的序列答案

【问题标题】：BioPython iterating through sequences from fasta fileBioPython 遍历来自 fasta 文件的序列
【发布时间】：2018-04-06 00:41:10
【问题描述】：

我是 BioPython 的新手，我正在尝试导入一个 fasta/fastq 文件并遍历每个序列，同时对每个序列执行一些操作。我知道这看起来很基本，但是由于某种原因我的下面的代码打印不正确。

from Bio import SeqIO

newfile = open("new.txt", "w")
records = list(SeqIO.parse("rosalind_gc.txt", "fasta"))

i = 0
dna = records[i]

while i <= len(records):
    print (dna.name)
    i = i + 1

我试图基本上遍历记录并打印名称，但是我的代码最终只打印“records[0]”，我希望它打印“records[1-10]”。有人可以解释为什么它最终只打印“records[0]”吗？

【问题讨论】：

标签： python biopython

【解决方案1】：

你的问题的原因在这里：

i = 0
dna = records[i]

您的对象“dna”被固定到记录的索引 0，即记录 [0]。由于您不再调用它，因此 dna 将始终固定在该声明上。在 while 循环中的 print 语句中，使用如下内容：

while i <= len(records):
    print (records[i].name)
    i = i + 1

如果您希望将对象 dna 作为记录条目的副本，则需要将 dna 重新分配给每个索引，在您的 while 循环中进行，如下所示：

while i <= len(records):
    dna = records[i]
    print (dna.name)
    i = i + 1

但是，这不是最有效的方法。最后，为了学习，比使用 i = i + 1 的 while 循环更好的方法是使用 for 循环，如下所示：

for i in range(0,len(records)):
    print (records[i].name)

For 循环会自动执行迭代，一个接一个。 range() 将给出一组从 0 到记录长度的整数。还有其他方法，但我保持简单。

【讨论】：

哇！非常感谢。感谢您向我展示了几种不同的方法。