Biopython：循环遍历一个充满fasta序列的字典，同时同时重命名标题答案

【问题标题】：Biopython : Looping over a dictionary full of fasta sequences, while simulatenously renaming the headersBiopython：循环遍历一个充满fasta序列的字典，同时同时重命名标题
【发布时间】：2016-01-13 15:51:37
【问题描述】：

在 biopython 中，您可以选择将多序列 fasta 文件制作成字典。

handle = open ("file.fasta","r")
records = SeqIO.parse(handle, "fasta")
records_dict = SeqIO.to_dict(records)
handle.close()

我有另一个文件 (csv)，第一列中有序列标识符列表，第二列中有相应的标题行。

import csv
descriptions = open("identifier_mapper.csv","r")
data = csv.reader(identifier_mapper,delimiter = ',')

例如：

SBNP0002Q39M,Artificial Sequence 1
SBNP0004AJIU,Artificial Sequence 2
SBNP0004AJIV,Artificial Sequence 3
SBNP0004AJHM,Artificial Sequence 4

在我的 fasta 文件中，所有序列的标题中都有序列键。我可以使用字符串解析来掌握它们。

我的问题：出于某种原因，当我尝试遍历字典和 csv 阅读器时，它似乎总是在检查列表中的第一个序列后终止！不知道为什么？！

for m in records_dict:
    sequence_key1 = (records_dict[m].id).split("|")[1]
    for row in data:
        sequence_key = row[0]
        organism= row[1]
        if sequence_key1 == sequence_key:
              print ">" + sequence_key + organism 
              print records_dict[m].seq

任何帮助将不胜感激！

【问题讨论】：

你能展示一个fasta文件的样本吗？

标签： loops csv dictionary biopython

【解决方案1】：

你必须改变这一行（隐蔽生成器到列表）

identifier_mapper = open("identifier_mapper.csv","r")
data = list(csv.reader(identifier_mapper,delimiter = ','))

csv.reader 在第一次迭代中返回一个生成器，到达StopIteration，因此只显示字典中的第一个序列

【讨论】：

啊，是的！这行得通。我没有意识到 csv 阅读器有这个 StopIteration 生成器。这对所有生成器都通用吗？