Anaconda：通过 conda pip 安装的软件包的无法解释的行为

Question

我正在尝试导出使用 conda + pip（通过 conda 安装）构建的 conda env，但我缺少一些通过 pip 安装的包。下面是我遵循的过程的详细信息。

我正在运行的操作系统是：

bdauser@testsuselinux:~> cat /etc/os-release
NAME="SLES"
VERSION="12-SP3"
VERSION_ID="12.3"
PRETTY_NAME="SUSE Linux Enterprise Server 12 SP3"
ID="sles"
ANSI_COLOR="0;32"
CPE_NAME="cpe:/o:suse:sles:12:sp3"

这是我的 anaconda 版本：

bdauser@testsuselinux:~> conda list anaconda
# packages in environment at /home/bdauser/anaconda3:
#
anaconda                  5.0.1            py36hd30a520_1
anaconda-client           1.6.5            py36h19c0dcd_0
anaconda-navigator        1.6.9            py36h11ddaaa_0
anaconda-project          0.8.0            py36h29abdf5_0

我通过以下方式创建并激活了 anaconda 环境：

bdauser@testsuselinux:~> conda create --name libmad python=3.5
bdauser@testsuselinux:~> source activate libmad

然后我通过以下方式为 conda 安装了 pip：

(libmad) bdauser@testsuselinux:~> conda install pip

然后我使用 pip for conda 成功安装了一个包：

(libmad) bdauser@testsuselinux:~> /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad/bin/pip install nltk==3.4

我已经通过以下方式检查了该软件包是否实际安装：

(libmad) bdauser@testsuselinux:~/anaconda3/envs/libmad/bin> /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad/bin/pip install nltk==3.4
Requirement already satisfied: nltk==3.4 in /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad/lib/python3.5/site-packages (3.4)
Requirement already satisfied: six in /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad/lib/python3.5/site-packages (from nltk==3.4) (1.12.0)
Requirement already satisfied: singledispatch in /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad/lib/python3.5/site-packages (from nltk==3.4) (3.4.0.3)

此时我已尝试导出 conda env：

(libmad) bdauser@testsuselinux:~/anaconda3/envs/libmad/bin> conda env export
name: libmad
channels:
- defaults
dependencies:
- ca-certificates=2019.1.23=0
- certifi=2018.8.24=py35_1
- libedit=3.1.20181209=hc058e9b_0
- libffi=3.2.1=hd88cf55_4
- libgcc-ng=8.2.0=hdf63c60_1
- libstdcxx-ng=8.2.0=hdf63c60_1
- ncurses=6.1=he6710b0_1
- openssl=1.0.2r=h7b6447c_0
- pip=10.0.1=py35_0
- python=3.5.6=hc3d631a_0
- readline=7.0=h7b6447c_5
- setuptools=40.2.0=py35_0
- sqlite=3.28.0=h7b6447c_0
- tk=8.6.8=hbc83047_0
- wheel=0.31.1=py35_0
- xz=5.2.4=h14c3975_4
- zlib=1.2.11=h7b6447c_3
prefix: /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad

但是如您所见，nltk 并没有显示出来。

我尝试运行一个简单的conda list，我可以看到 nltk 包：

(libmad) bdauser@testsuselinux:~/anaconda3/envs/libmad/bin> conda list
# packages in environment at /home/bdauser/anaconda3/envs/libmad:
#
ca-certificates           2019.1.23                     0
certifi                   2018.8.24                py35_1
libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 8.2.0                hdf63c60_1
libstdcxx-ng              8.2.0                hdf63c60_1
ncurses                   6.1                  he6710b0_1
nltk                      3.4                       <pip>
openssl                   1.0.2r               h7b6447c_0
pip                       10.0.1                   py35_0
pip                       19.1.1                    <pip>
python                    3.5.6                hc3d631a_0
readline                  7.0                  h7b6447c_5
setuptools                41.0.1                    <pip>
setuptools                40.2.0                   py35_0
singledispatch            3.4.0.3                   <pip>
six                       1.12.0                    <pip>
sqlite                    3.28.0               h7b6447c_0
tk                        8.6.8                hbc83047_0
wheel                     0.31.1                   py35_0
xz                        5.2.4                h14c3975_4
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3

如果我使用导出标志运行相同的命令，我不会再看到 nltk：

(libmad) bdauser@testsuselinux:~/anaconda3/envs/libmad/bin> conda list --export
# This file may be used to create an environment using:
# $ conda create --name <env> --file <this file>
# platform: linux-64
ca-certificates=2019.1.23=0
certifi=2018.8.24=py35_1
libedit=3.1.20181209=hc058e9b_0
libffi=3.2.1=hd88cf55_4
libgcc-ng=8.2.0=hdf63c60_1
libstdcxx-ng=8.2.0=hdf63c60_1
ncurses=6.1=he6710b0_1
openssl=1.0.2r=h7b6447c_0
pip=10.0.1=py35_0
python=3.5.6=hc3d631a_0
readline=7.0=h7b6447c_5
setuptools=40.2.0=py35_0
sqlite=3.28.0=h7b6447c_0
tk=8.6.8=hbc83047_0
wheel=0.31.1=py35_0
xz=5.2.4=h14c3975_4
zlib=1.2.11=h7b6447c_3

谁能解释这种行为？我在这里做错了什么？目标是将 conda env 导出到另一台机器，所有包都通过 pip 安装。

提前致谢， 阿莱西奥

Answer 1

我怀疑问题是您通过 PyPI 更新了pip，然后使用它来安装您的软件包。我认为 Conda 在识别未通过 Conda 安装的 pip 安装的软件包时存在问题。相反，请尝试仅使用通过 Conda 安装的 pip：

conda create -n libmad python=3.5 pip
conda activate libmad
pip install nltk==3.4

_{提示：如果您处于激活的环境中，则不必提供到 pip 的完整路径。}

从技术上讲，我们不应该在创建步骤中包含pip，因为无论何时安装python，Conda 都会安装pip；我们会把它留在这里。另请注意，您可以通过 Conda Forge 频道获得更新版本的pip（Python 3.5 最高为 18.0）。

然后，conda env export 给出：

name: libmad
channels:
  - defaults
dependencies:
  - ca-certificates=2019.1.23=0
  - certifi=2018.8.24=py35_1
  - libcxx=4.0.1=hcfea43d_1
  - libcxxabi=4.0.1=hcfea43d_1
  - libedit=3.1.20181209=hb402a30_0
  - libffi=3.2.1=1
  - ncurses=6.1=h0a44026_1
  - openssl=1.0.2r=h1de35cc_0
  - pip=10.0.1=py35_0
  - python=3.5.6=hc167b69_0
  - readline=7.0=h1de35cc_5
  - setuptools=40.2.0=py35_0
  - sqlite=3.28.0=ha441bb4_0
  - tk=8.6.8=ha441bb4_0
  - wheel=0.31.1=py35_0
  - xz=5.2.4=h1de35cc_4
  - zlib=1.2.11=h1de35cc_3
  - pip:
    - nltk==3.4
    - singledispatch==3.4.0.3
    - six==1.12.0