如何在 Anaconda (Conda) 环境中跟踪 pip 安装的软件包？答案

【问题标题】：How do I keep track of pip-installed packages in an Anaconda (Conda) environment?如何在 Anaconda (Conda) 环境中跟踪 pip 安装的软件包？
【发布时间】：2013-09-09 12:32:43
【问题描述】：

我已经安装并一直在使用Anaconda Python 发行版，并且我已经开始使用 Anaconda (Conda) 环境。我可以使用标准的conda install... 命令将分发包中的包放入我的环境中，但要使用外部的任何东西（即 Flask-WTF、flask-sqlalchemy 和 alembic），我需要在活动环境中使用pip install。但是，当我查看环境的内容时，无论是在目录中，还是使用conda list，这些pip installed 包都不会出现。

使用pip freeze 和pip list 只会列出我曾经安装过的每个包。

有没有办法跟踪我的每个 Anaconda envs 中的内容（pip 和 conda 都已安装）？

【问题讨论】：

使用pip 与conda 一起安装，例如~/anaconda/bin/pip。使用它将软件包安装到conda 环境中，以及查看使用此pip 和conda install 安装的软件包的联合。
conda list 已经有一段时间包含通过其他方式安装的 python 包（例如 pip、easy-install、直接使用 python setup.py install 等）
不要升级你的点子，否则这个出口会被淹没
@andrew-cassidy 你能解释一下吗？有时当我执行conda update --all 时，它也会更新点子。我们无法轻易阻止 pip 更新的发生。 pip 是否会在更新时删除自己的索引（表现不佳）？

标签： python pip anaconda env conda

【解决方案1】：

conda-env 现在会自动执行此操作（如果 pip 与 conda 一起安装）。

您可以使用用于迁移环境的导出工具了解其工作原理：

conda env export -n <env-name> > environment.yml

该文件将列出 conda 包和 pip 包：

name: stats
channels:
  - javascript
dependencies:
  - python=3.4
  - bokeh=0.9.2
  - numpy=1.9.*
  - nodejs=0.10.*
  - flask
  - pip:
    - Flask-Testing

如果您希望继续导出环境，请将 environment.yml 移动到新主机并运行：

conda env create -f path/to/environment.yml

【讨论】：

只是为了让未来的读者明白这一点：-pip: 部分标记了所有通过 pip 安装的包。此外，据我所知，conda env export 永远不会生成 semvar 匹配值，就像本例中显示的 -nodejs=0.10.* 一样。它将给出一个明确的值，如-nodejs=0.10.1，如果你想要的话，你需要输入*。如果它能够处理 semvar 匹配，那就太棒了，我很高兴听到如何让这种魔法发生。 :)
我发现了失败的情况，出现“ResolvePackageNotFound”错误。它是通过在创建 yml 文件的命令中添加 --from-history 来解决的。

【解决方案2】：

conda 只会跟踪它安装的包。而pip 将为您提供使用pip 安装程序本身安装的软件包，或者他们在setup.py 中使用setuptools 的软件包，因此conda build 生成了egg 信息。所以你基本上有三个选择。

您可以联合使用 conda list 和 pip freeze 并使用 conda 包管理器管理使用 conda 安装的包（显示在 conda list 中）和与pip 一起安装（显示在pip freeze 但不在conda list 中）和pip。
仅在您的环境中安装python、pip 和distribute 软件包并使用pip 管理所有内容。（如果你在 Windows 上，这不是那么简单......）
构建您自己的conda 包，并使用conda 管理所有内容。

我个人会推荐第三个选项，因为它很容易构建conda 包。在 continuum 的 github 帐户上有一个示例配方的 git 存储库。但它通常归结为：

 conda skeleton pypi PACKAGE
 conda build PACKAGE

或者只是：

conda pipbuild PACKAGE

此外，当您构建它们一次后，您可以将它们上传到 https://binstar.org/ 并从那里安装。

然后您将使用conda 管理所有内容。

【讨论】：

我刚试过~/anaconda/bin/pip install memory-profiler和conda install numba，它们都显示在~/anaconda/bin/pip freeze中。
“连续体 github 帐户上示例配方的 git 存储库”您的意思是 github.com/ContinuumIO/anaconda-recipes 吗？可以的话请给个链接
这实际上并没有安装包，因此您可以导入它。您必须按照stackoverflow.com/a/20750388/125507 中所述执行conda install C:\...PACKAGE-0.0.0-py27_0.tar.bz2
我会说首先在您的 conda 环境中始终拥有conda install python=3.x.y，以便后续 pip 安装通过 conda installed pip。
这个答案（编辑于 2014 年 6 月 17 日 11:36 由 Viktor Kerkez 于 2013 年 9 月 5 日 15:40 回答）现已过时。 @conner.xyz 上面的完整答案（2015 年 11 月 13 日 14:21 回答）提供了更准确和最新的答案。

【解决方案3】：

conda 的一个分支（new-pypi-install）增加了与 pip 和 PyPI 的更好集成。特别是 conda list 还将显示 pip 安装的包， conda install 将首先尝试找到一个 conda 包，失败将使用 pip 安装包。

这个分支计划在本周晚些时候合并，以便 conda 2.1 版与 conda 有更好的 pip-integration。

【讨论】：

我想指出，这已经在 conda 2.2.3 中工作（可能在此之前）。它的工作方式是，如果您尝试 conda install package 并且找不到 conda 配方，它会尝试通过 pip 安装它（然后跟踪它）。如果不在您的环境中，它甚至建议安装pip。感谢 Travis 所做的一切工作！
澄清，因为我已经误读了好几次了。 @Travis 的意思是我认为如果一个在 conda 中运行，那么运行 pip 将首先搜索 conda 包？反过来肯定不正确—— conda install 不查找 pypi 包，甚至不查找 pypi.binstar.org 上的项目。这是从 conda 3.5.2 开始的。
这个被删除了吗？如果我运行conda install autopep8，它会告诉我“找不到包”，我应该手动搜索 anaconda.org。
@AnneTheAgile running pip... 也不起作用，它根本不会寻找 conda 包。

【解决方案4】：

我遵循@Viktor Kerkez 的回答并取得了喜忧参半的成功。我发现有时这个食谱的

conda 骨架 pypi 包

conda 构建包

看起来一切正常，但我无法成功导入 PACKAGE。最近我在Anaconda user group 上询问了这个问题，并从@Travis Oliphant 本人那里听到了关于使用 conda 构建和管理不随 Anaconda 提供的软件包的最佳方法。您可以阅读此线程 here，但我将在下面描述该方法，以希望使 OP 问题的答案更加完整...

示例：我将使用 conda 2.2.5 在 Windows 上安装出色的 prettyplotlib package。

1a) conda build --build-recipe prettyplotlib

在构建的最后 TEST 部分之前，您会看到构建消息看起来都很好。我看到了这个错误

文件“C:\Anaconda\conda-bld\test-tmp_dir\run_test.py”，第 23 行 import None SyntaxError: cannot assign to None TESTS FAILED: prettyplotlib-0.1.3-py27_0

1b) 进入 /conda-recipes/prettyplotlib 并编辑 meta.yaml 文件。目前，在步骤 1a 中设置的包会导致 yaml 文件在 test 部分中有错误。例如，这是我的查找prettyplotlib

test:   # Python imports   imports:
    - 
    - prettyplotlib
    - prettyplotlib

编辑此部分以删除前面的空行 - 并删除多余的 prettyplotlib 行。在撰写本文时，我发现我需要为使用 conda 安装的外部包编辑大多数 meta.yaml 文件，这意味着有一个空白导入行导致错误以及给定包的冗余导入.

1c) 重新运行 1a 中的命令，这一次应该没有错误地完成。在构建结束时，系统会询问您是否要将构建上传到binstar。我输入否，然后看到这条消息：

如果您想稍后将此包上传到 binstar.org，请输入：

$ binstar 上传 C:\Anaconda\conda-bld\win-64\prettyplotlib-0.1.3-py27_0.tar.bz2

该 tar.bz2 文件是您现在需要实际安装的构建。

2) conda install C:\Anaconda\conda-bld\win-64\prettyplotlib-0.1.3-py27_0.tar.bz2

按照这些步骤，我已成功使用 conda 安装了许多 Anaconda 未附带的软件包。以前，我使用 pip 安装了其中一些，所以在使用 conda 安装 PACKAGE 之前我做了pip uninstall PACKAGE。使用 conda，我现在可以用一种方法管理（几乎）我所有的包，而不是使用 conda、pip、easy_install 和 python setup.py install 安装混合的东西。

就上下文而言，我认为@Travis Oliphant 的recent blog post 对于像我这样不欣赏强大的 Python 包装中的所有内容但肯定会欣赏“正常工作”的人会有所帮助。 conda 似乎是一个很好的前进方向......

【讨论】：

使用 conda 3.5.2 版本，命令 $ conda build --build-recipe XXX ; “无法识别的参数：--build-recipe”出错。完整的回应是；用法：conda-build [-h] [-c] [--no-binstar-upload] [--output] [-s] [-t] [--no-test] [-V] [-q] RECIPE_PATH [RECIPE_PATH ...] conda-build：错误：无法识别的参数：--build-recipe
这个答案（2013 年 12 月 23 日 20:04 Josh Hemann 回答）现在已经过时了。 @conner.xyz 上面的完整答案（2015 年 11 月 13 日 14:21 回答）提供了更准确和最新的答案。

【解决方案5】：

这就是我写 Picky 的原因：http://picky.readthedocs.io/

它是一个 python 包，用于跟踪在 virtualenvs 和 conda envs 中使用 pip 或 conda 安装的包。

【讨论】：

【解决方案6】：

我认为这里缺少的是当你这样做时：

>pip install .

使用 setup.py 安装本地包，它安装了一个对 all 使用的 conda env 可见的包与python 相同的版本。注意我使用的是 pip 的 conda 版本！

例如，如果我使用的是 python2.7，它会将本地包放在这里：

/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-packages

如果我稍后使用 python=2.7（= 默认值）创建一个新的 conda env：

>conda create --name new

>source activate new

然后做：

(new)>conda list    // empty - conda is not aware of any packages yet

但是，如果我这样做：

(new)>pip list      // the local package installed above is present

所以在这种情况下，conda 不知道 pip 包，但该包可用于 python。

但是，如果我改为安装本地软件包（再次使用 pip）我已经创建（并激活）了新的 conda 环境，现在 conda 会看到它：

(new)>conda list   // sees that the package is there and was installed by pip

所以我认为 conda 和 pip 之间的交互存在一些问题 - 即，使用 pip 从一个 conda env 中安装本地包使得该包可用于（但不能通过 conda 列表看到）相同的所有其他 conda env python版本。

【讨论】：

【解决方案7】：

conda env export 列出环境中的所有 conda 和 pip 包。 conda-env 必须安装在 conda 根目录 (conda install -c conda conda-env)。

要编写描述当前环境的environment.yml 文件：

conda env export > environment.yml

参考资料：

【讨论】：

【解决方案8】：

我通常在“pip”命令之前为要安装软件包的特定环境添加“bin/pip”文件夹的前缀。例如，如果你想在环境 py34 中安装 pymc3，你应该使用这个命令：

~/anaconda/envs/py34/bin/pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3

你基本上只需要找到你的环境'bin/pip'文件夹的正确路径并将它放在安装命令之前。

【讨论】：

【解决方案9】：

您可以首先在 conda 环境中安装以下给定命令：

conda install pip

然后在环境中安装你需要的所有 pip 包。

安装所有conda和pip包后导出环境使用：

conda env export -n <env-name> > environment.yml

这将在文件夹中创建所需的文件

【讨论】：

【解决方案10】：

我的which pip 显示以下路径：

$ which pip
/home/kmario23/anaconda3/bin/pip

所以，无论我使用pip install <package-name> 安装的哪个包，当使用以下命令导出列表时，都必须反映在包列表中：

$ conda list --export > conda_list.txt

但是，我没有。因此，我使用了其他几个人建议的以下命令：

# get environment name by
$ conda-env list

# get list of all installed packages by (conda, pip, etc.,)
$ conda-env export -n <my-environment-name> > all_packages.yml
# if you haven't created any specific env, then just use 'root'

现在，我可以看到我的all-packages.yml 文件中的所有包。

【讨论】：

【解决方案11】：

使用你环境的 pip 来安装这样的包

~/anaconda3/envs/<ENV_NAME_HERE>/bin/pip install <PACKAGE_NAME>

这应该有助于 conda 在您使用 conda list 时跟踪您安装的所有 pip 包

【讨论】：