使用 R 包下载亚种数据 (dismo)答案

【问题标题】：Download the subspecies data using R packages (dismo)使用 R 包下载亚种数据 (dismo)
【发布时间】：2017-07-03 10:07:17
【问题描述】：

我想用dismo（R包）下载gbif物种出现数据，用于物种分布分析。在大多数情况下，我已阅读指南并成功进行了我们的分析。我在这里使用了代码。

gbif("genus","species", geo=FALSE)

但是，我想将某些亚种分开进行分析。有什么方法可以从某些亚种中提取信息吗？

【问题讨论】：

标签： r dismo

【解决方案1】：

根据gbif 的文档和dismo 的小插曲，我们可以将* 附加到物种名称以获取该物种名称下的所有变体。以下示例从小插图中下载 Solanum acaule 下的所有记录。

acaule <- gbif("solanum", "acaule*", geo = FALSE)

生成的数据框 acaule 包含 115 个变量和大约 7000 条记录。在这些变量中，scientificName 列包含该记录的全名。我们可以使用该列来识别与某个亚种相关的记录。

例如，我们可以先使用table函数查看每个物种名称的数量。

table(acaule$scientificName)

                             Solanum acaule Bitter 
                                              5608 
                      Solanum acaule subsp. acaule 
                                              1444 
Solanum acaule subsp. punae (Juz.) Hawkes & Hjert. 
                                                14 
           Solanum acaule var. punae (Juz.) Hawkes 
                                                 9 
       Solanum acaule var. subexinterruptum Bitter 
                                                 2 
                        Solanum schreiteri Bukasov 
                                                 2 
                         Solanum uyunense Cárdenas 
                                                 2

现在我们可以根据scientificName 中的关键字对数据框进行子集化以找到我们想要的记录。假设我们只想要subsp. 在其scientificName 中的记录，我们可以执行以下操作：

acaule_sub <- subset(acaule, grepl("subsp.", scientificName, fixed = TRUE))

现在acaule_sub 是一个包含 1458 条记录的数据框，这些记录都是科学名称与“subsp.”相关联的所有记录。

不确定这是否是您所需要的，但希望对您有所帮助！

【讨论】：