使用在 R 包“dismo”中创建的“gbm”模型和 R 包“gbm”中的函数

Question

这是我不久前问过的previous question 的后续，最近得到了答复。

我用dismo::gbm.step 构建了几个gbm 模型，它们依赖于R 包gbm 中的gbm 拟合函数，以及R 包splines 中的交叉验证工具。

作为我分析的一部分，我想使用 R 中可用的一些图形工具（例如透视图）来可视化数据中的成对交互。 gbm 和 dismo 包都具有检测和建模数据交互的功能。

dismo 中的实现在 Elith 等中进行了解释。 al (2008) 并返回一个统计数据，该统计数据表明模型预测偏离预测变量的线性组合，同时保持所有其他预测变量的均值。

gbm 中的实现使用 Friedman 的 H 统计量 (Friedman & Popescue, 2005)，并返回不同的指标，并且也没有设置其他变量。

使用dismo::gbm.interactions 建模和绘制的交互非常棒，并且提供了非常丰富的信息。不过，我也想使用gbm::interact.gbm，部分是为了发表强度，也是为了比较两种方法的结果。

如果我尝试在使用dismo 创建的gbm.object 中运行gbm::interact.gbm，则会返回错误...

"Error in is.factor(data[, x$var.names[j]]) : 
  argument "data" is missing, with no default"

我了解dismo::gmb.step 添加了作者认为对gbm model 有用的额外数据。

我也明白我的问题的答案在源代码的某个地方。

我的问题是……

1. 是否可以修改在dismo 中创建的gbm 对象以在gbm::gbm.interact 中使用？如果是这样，这将由...完成...

   一个。修改dismo::gbm.step中创建的gbm对象？

   b.修改gbm::interact.gbm的源代码？

   c。做别的事吗？

我将通过源代码尝试自己解决这个问题，如果我在有人回答之前提出解决方案，我会回答我自己的问题。

Answer 1

gbm::interact.gbm 函数需要数据作为参数interact.gbm <- function(x, data, i.var = 1, n.trees = x$n.trees)。

dismo gbm.object 与 gbm gbm.object 基本相同，但附加了额外信息，因此我认为更改 gbm.object 不会有帮助。