如何在 for 循环中生成多个输出文件

【问题标题】：How can I generate multiple output files in for loop如何在 for 循环中生成多个输出文件
【发布时间】：2015-03-12 21:44:11
【问题描述】：

我是 bash 新手，所以这是一个非常基本的问题：我正在尝试使用下面编写的 $for 循环对目录中的多个文件执行一系列命令，这些命令应该以每个文件的新输出 (f:r.bw) 结束。
基本上，我有chr1.gz、chr2.gz 等文件，最终应该是chr1.bw、chr2.bw ... 现在的样子，它似乎不断地覆盖同一个输出文件，我无法弄清楚正确的语法是什么。

$ for file in *.gz
do
zcat < $file | grep -v ^track > f:r.temp
wigToBigWig -clip -fixedSummaries -keepAllChromosomes f:r.temp hg19.chrom.sizes f:r.bw
rm f:r.temp
done

感谢您的帮助

【问题讨论】：

标签： bash loops for-loop

【解决方案1】：

不要使用固定文件名f:r.temp，而是将目标名称基于$file：

for file in *.gz; do
  zcat <"$file" | grep -v '^track' >"${file%.gz}.temp"
  wigToBigWig -clip -fixedSummaries -keepAllChromosomes \
    "${file%.gz}.temp" hg19.chrom.sizes "${file%.gz}.bw"
  rm -f "${file%.gz}.temp"
done

${file%.gz} 是一个parameter expansion 操作，它将名称末尾的.gz 修剪掉；因此，${file%.gz}.bw 修剪了 .gz 并添加了 .bw。

更好的是，如果wigToBigWig 不需要真正的（可搜索的）输入文件，您可以直接将其提供给zcat | grep 进程的管道，而无需任何临时文件：

for file in *.gz; do
  wigToBigWig -clip -fixedSummaries -keepAllChromosomes \
    <(zcat <"$file" | grep -v '^track') \
    hg19.chrom.sizes \
    "${file%.gz}.bw"
done

【讨论】：

谢谢！我尝试了上面的建议，它正在工作！