无向 igraph 的绘图显示边缘一端的边缘和顶点之间的间隙答案

【问题标题】：Plot of undirected igraph shows gaps between edge and vertex on one end of edge无向 igraph 的绘图显示边缘一端的边缘和顶点之间的间隙
【发布时间】：2012-03-27 11:22:18
【问题描述】：

考虑用 igraph 生成的一个非常简单的无向图。

library(igraph)

edges = matrix(c(1,2), nrow=1, ncol=2)
g = graph.edgelist(edges, directed=FALSE)
set.seed(42)
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='')

边和顶点2之间有一个小间隙，但边和顶点之间没有顶点 1. 有没有办法消除这个差距？

我真正使用的图表更大，边缘很多更短。虽然在上面的示例中几乎没有注意到差距，但它是在我的情况下令人困惑。

【问题讨论】：

这对我来说很好。我确实知道，如果您尝试在非方形绘图区域进行绘图，您所描述的往往会发生，但我不记得您实际上是如何做到的。相关的，你可以试试我的包library("qgraph");qgraph(edges)，这个行为不应该发生。
我在Windows下看到了问题。随着窗口大小的调整，间隙的大小会增加。在这种情况下，这是一个非常小的差距，但我非常感谢您为完美所做的努力。您能否使用layout()（igraph 函数）返回顶点坐标，然后从头开始绘制您自己的图形。先绘制边，然后在顶部绘制顶点。
可能是一个错误。顺便提一句。如果您调整绘图的大小，那么最好重新绘制它，因为重新缩放可能会放大舍入误差。最好在bugs.launchpad.net/igraph 报告 igraph 错误。

标签： r plot igraph

【解决方案1】：

这确实是 igraph 中的一个错误，它发生是因为 igraph 为箭头留出了一些空间，即使箭头不存在。我将在下一个 igraph 版本中修复它。

作为一种解决方法，您可以将每条边绘制两次，彼此重叠。为此，您需要使图形定向，然后使用 edge.arrow.mode 选项来避开箭头。这是因为箭头绘图仪只修改了边缘的一端。以这种方式绘制图表有点愚蠢，但我现在找不到更好的解决方法。正如我所说，新版本（0.6.4之后的版本）不会有这个问题。

library(igraph)

# Zoom in on the critical region, although the gap always has the 
# same size, unless you make the plotting window bigger
g <- graph(c(1,2), directed=FALSE)
par(mar=c(0,0,0,0))
plot(g, edge.width=2, vertex.size=20, edge.color='black', main='',
     rescale=FALSE, xlim=c(0.9,1), ylim=c(0.9,1),
     layout=rbind(c(0,0), c(1,1)), vertex.color="#ffffff11")

# This plot should have no gaps
g2 <- as.directed(g, mode="mutual")
par(mar=c(0,0,0,0))
plot(g2, edge.width=2, vertex.size=20, edge.color='black', main='',
     rescale=FALSE, xlim=c(0.9,1), ylim=c(0.9,1),
     layout=rbind(c(0,0), c(1,1)), vertex.color="#ffffff11",
     edge.arrow.mode="-")

【讨论】：

【解决方案2】：

我阅读了?igraph 页面，看到了使用“好看的抗锯齿开罗设备”?igraph 的建议。

所以，我试过了

library(Cairo)
Cairo(1600, 1600, file="plot.png", type="png", bg="white")
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='')
dev.off()

和，

CairoPDF("plot.pdf", 6, 6, bg="transparent")
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='')
dev.off()

png和pdf版本看起来都没有小差距。

让我知道它是否适合你。

【讨论】：

感谢您指出这一点！我没有尝试过，因为我实际上使用的是tikz 设备，它也会产生间隙。
@severin，从你写的内容来看，我假设你不能使用上面的解决方案，但需要使用 tikz 解决方案？
由于某种原因，我去年错过了您的问题。对不起！是的，很遗憾，我必须使用 tikz 设备。
@severin，你解决了这个问题吗，你还在努力解决它吗？