如何使用 nco 或 cdo 在 netcdf 文件中查找第一个肯定条目的时间/日期？答案

【问题标题】：how to find the time/date of the first positive entry in a netcdf file using nco or cdo?如何使用 nco 或 cdo 在 netcdf 文件中查找第一个肯定条目的时间/日期？
【发布时间】：2016-06-22 16:03:35
【问题描述】：

我有一个时间序列值，我想在数据序列变为正数时找到第一个时间步的时间或日期。我知道我可以将它读入 python、R 或 Fortran 脚本来执行此操作，但我想知道是否可以从 BASH 的命令行中使用 nco 或 cdo 来执行此操作？

我想用

cdo gec,0.0 in.nc out.nc

制作一个面具，但这对我没有多大帮助。我需要以某种方式根据数据的符号拆分文件，然后我可以简单地使用

cdo showdate

通过管道传输到 awk。

这里有一个小示例文件的链接：

http://clima-dods.ictp.it/Users/tompkins/se/trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc

有什么建议吗？

【问题讨论】：

标签： bash netcdf nco cdo-climate

【解决方案1】：

我绞尽脑汁想不出有 NCO 的灵丹妙药。我为 ncap2 提出了以下 sn-p。（循环在 ncap2 中未优化）运行 sn -p 使用命令

ncap2 -v -O -S sign.nco  trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc foo.nc out.nc

/****************** sign.nco***********************************/
lon_sz=$lon.size;
lat_sz=$lat.size;
time_sz=$time.size;
*precip_prev=precip(0,0,0);
*precip_cur=2.0;
for(*idx=0;idx<time_sz;idx++)
{
   for(*jdx=0;jdx<lat_sz;jdx++)
   {

     for(*kdx=0;kdx<lon_sz;kdx++)
     {
      precip_cur= precip(idx,jdx,kdx);
      if( precip_cur > 0.0 && precip_prev<0.0)
         print(time(idx));

         precip_prev=precip_cur;

    }
  }
}
/***************************************************************/

【讨论】：

谢谢你，但它似乎不适用于我的 MAC 上的 bash，我得到这个作为输出：“时间，大小 = 1 NC_DOUBLE，值 = 29769” - 我不是确定我理解代码 sn-p。

【解决方案2】：

编辑答案：

使用已添加到 CDO v1.8.0 及更高版本 (https://code.zmaw.de/projects/cdo/embedded/index.html#x1-3300002.8.1) 的新 timcumsum 函数，现在可以为网格字段完成此任务：

cdo gec,0 precip.nc mask.nc      # positive entries are 1, negative are zero
cdo timcumsum mask.nc maskcum.nc # sum the mask in the time direction

# invert the mask so that you have 1 at start, but then zero from 1st +ve val
cdo lec,0.5 maskcum.nc maskinv.nc   

# sum this new mask, and add 1, result is timestep when first positive value occurs:
cdo addc,1  -timcumsum maskinc.nc stepfirstpos.nc

我认为这个函数可以在一行中完成所有操作

cdo addc,1 -timcumsum -lec,0.5 -timcumsum -gec,0 precip.nc stepfirstpos.nc

原始答案：

我花了一年的时间，但我想出了一种方法，将 NCO 和 CDO 结合起来用于单点文件而不是网格字段：

#!/bin/bash
# code to find date of first positive file entry
file=trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc
# set negative values to missing
cdo -s setrtomiss,-1.e36,0.0 $file set.nc
ntime=`cdo -s ntime set.nc`  # number of steps in file
# loop over steps to find first positive value
for i in `seq 1 ${ntime}` ; do
  # nco counts from step 0, cdo from 1 
  ncoi=`expr $i - 1` 
  # print out the value in step i
  op=`ncks -d time,$ncoi -s "%16.10f\n" -H -C -v precip set.nc`
  if [[ $op != "_" ]] ; then  # not missing
    # print the date of timestep i
    cdo -s showdate -seltimestep,$i set.nc
    rm -f set.nc 
    exit
  fi
done
# no positive value found
rm -f set.nc
echo "All values in $file are negative"

【讨论】：