在阵列中排列 DNA 碱基对

Question

尝试将一系列碱基对导入数组。

我想要['AA','AT','AG','AC'...]的形式

这是我的代码：

paths = [str(x[4:7]) for x in mm_start]

paths
['A A', 'A T', 'A G', 'A C', 'T A', 'T T', 'T G', 'T C', 'G A', 'G T', 'G G', 'G C', 'C A', 'C T', 'C G', 'C C']      

字母之间有空格！ 此条命令也无济于事。

paths = str(paths).replace(" ","")

paths
"['AA','AT','AG','AC','TA','TT','TG','TC','GA','GT','GG','GC','CA','CT','CG','CC']"

现在我在这个数组的开头和结尾得到一个 (")。

欢迎提出任何想法！

文本文件的碱基对布局

1 2 3 4 A A
1 2 3 1 A T
...

谢谢

Answer 1

您正在将列表转换为字符串。你真的想说

paths = [pair.replace(" ", "") for pair in paths] 

遍历字符串列表中的每一对并删除空格，而不是将整个列表转换为字符串。

Answer 2

paths = str(paths).replace(" ","")

当然它不起作用，因为您将 list 转换为字符串（并且您没有将其转换回来）。您需要做的是将replace 应用于列表的每个元素，而不是应用于列表的字符串表达式。

paths = [str(x[4:7]).replace(" ","") for x in mm_start]

（这只是众多方式中的一种）。