read.table 函数和标准输入答案

【问题标题】：read.table function and stdinread.table 函数和标准输入
【发布时间】：2013-10-10 18:17:01
【问题描述】：

我有一个制表符分隔的文本文件，我正在尝试使用read.table 函数将其加载到 R 中。脚本的前几行如下所示

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
data <- read.table(args[1], header=TRUE, sep="\t", quote="")
# process the data

这行得通。我最初试图让 R 从标准输入中读取数据，但没有成功。我的第一种方法...

#!/usr/bin/env Rscript
data <- read.table(stdin(), header=TRUE, sep="\t", quote="")
# process the data

...似乎根本不起作用。我的第二种方法...

#!/usr/bin/env Rscript
data <- read.table("/dev/stdin", header=TRUE, sep="\t", quote="")
# process the data

...读取数据文件，但是（由于某种原因我不明白）前 20 行左右被弄乱了，这是一个大问题（尤其是因为这些行包含标题信息）。有没有办法让read.table 从标准输入中读取？我是否遗漏了一些非常明显的东西？

【问题讨论】：

标签： r stdin

【解决方案1】：

?stdin 说：

stdin() 指的是“控制台”而不是 C 级的“标准输入” 的过程。 GUI 控制台中的区别很重要（其中可能没有活动的“标准输入”，如果有，则可能没有连接到控制台输入），以及嵌入式应用程序。如果要访问 C 级文件流“stdin”，请使用 file("stdin").

还有：

当 R 从文件中读取脚本时，file 是 ‘console’：这是允许内联数据的传统用法……

这就是观察到的行为的可能原因。 原则上你可以从标准输入read.table - 但在大多数（几乎所有？）情况下，你会希望通过file('stdin')来做到这一点。

【讨论】：