如何在 R 中安装 topicmodels 包？

Question

我正在尝试在 R 中安装名为 topicmodels 的软件包，但没有成功。这是我尝试过的...

行动： 使用install.packages("topicmodels") 安装包

结果：

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

所以我说好吧，让我们从源代码安装

行动： install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")

结果：

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

然后我研究了这个 gsl 的东西并找到了this link。在那一刻，我认为我所有的问题都消失了，当我最终遵循这些指示时。我收到以下错误（在终端中）...

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

Answer 1

首先你必须安装gsl。安装完成后，您可以尝试安装 R 包。你可以从here下载gsl（在那里你可以选择最新版本gsl-latest.tar.gz）。下载后，请执行以下操作进行安装：

1. 解压缩下载的文件（在我的情况下，“最新”文件包含此版本：gsl-1.16）
2. 打开“终端”

3. 然后（使用终端），移动到您在步骤 1 中创建的文件夹中。在我的情况下，我在文件夹中有一个名为“Downloads”的文件，所以我通过执行以下操作移动到新创建的文件夹：

   cd Downloads/gsl-1.16
   

4. 进入该文件夹后，运行以下命令（按顺序）：

   ./configure
   make
   sudo make install
   

5. 安装后不会再出现之前的错误fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found，可以重试安装。

6. 现在回到您的 R 环境（例如，RStudio），通过执​​行以下操作再次尝试安装包：

   install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").
   

我遇到了同样的问题，在这样做之后我正确安装了 R 包，我希望它也适用于你的情况。

Answer 2

如果您已经在使用自制软件。使用变量修复比从源代码手动安装 gsl 更好更快。

1. 用自制软件安装 gsl brew install gsl

2. 编辑~/.R/Makevars 并添加。

   PKG_LIBS=-L/usr/local/opt/gettext/lib
   CFLAGS=-I/usr/local/opt/gsl/include
   LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gsl/lib -lgsl -lgslcblas