在 shell 脚本中对包含特殊字符的变量进行 grepping答案

【问题标题】：grepping variables containing special characters in a shell script在 shell 脚本中对包含特殊字符的变量进行 grepping
【发布时间】：2015-10-21 14:01:46
【问题描述】：

我正在尝试根据存储在 bash 脚本中的变量中的模式从文件中 grep 出一些行，该变量可能包含 (、)、[ 或 ]。我得到了不包含特殊字符的模式所需的输出，但使用( 或)，我得到一个空白输出，使用[ 或]，我得到以下错误： grep：字符类中的范围乱序

模式文件示例：

14-3-3-like protein B
14-3-3-like protein B (Fragment)
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

输入文件示例：

seq1    gi|703124372    380    285    +    2e-154    14-3-3-like protein B    sp
seq2    Q96451    69    51    +    3e-16    14-3-3-like protein B (Fragment)    sp
seq3    P0AAI5    104    84    -    4e-20    3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2    sp

我的代码如下：

if [ $@==0 ]
    then echo -e "\nUSAGE: $0 [pattern file] [in file] > [out file]\n"
    exit;
else
    while read line; do
            echo -e "Pattern: $line"
            grep -P "\t$line\t" $2
            echo -e "\n"
    done < $1

输出示例：

Pattern: 14-3-3-like protein B 
seq1    gi|703124372    380    285    +    2e-154    14-3-3-like protein B    sp
Pattern: 14-3-3-like protein B (Fragment)    sp
Pattern: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
grep: range out of order in character class

我试过使用 grep -Fw 但这也没有给出想要的输出.. 我还尝试用\( 和\[ 代替( 和[ 替换两个输入文件中的模式，但这也不起作用..

知道如何实现这一目标吗？还有什么可以代替 grep 的吗？

【问题讨论】：

也许用反斜杠转义字符？
谢谢，已经添加了样本..希望我的问题很清楚..
哦，我已经尝试过了，但是如果我的模式是“14-3-3-like protein”，那么包含该模式的所有行都会被 grepped，其中还包括“14-3-3”这样的模式-like protein B" 尽管有 -F 选项..所以我的解决方法是使用制表符作为模式边界..
可以使用：grep -F $'\t'"$line"$'\t' "$2"
是的，这很好用。谢谢。

标签： regex linux bash shell grep

【解决方案1】：

tab=$(echo -e \\t)
grep -F "$tab$line$tab" $2

编辑：另请参阅@anubhava 的建议：grep -F $'\t'"$line"$'\t' "$2"

【讨论】：

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