双向扩展范围答案

【问题标题】：Extend range in both directions双向扩展范围
【发布时间】：2015-12-17 09:52:31
【问题描述】：

我有一个 GRanges 对象，我想扩展所有范围，例如两侧 1kb，因此每个范围将变得长 2kb。这很奇怪，但我无法使用 GenomicRanges 或 IRanges 的inter-range-methods 来做到这一点。产生所需结果的一种方法是使用两次调整大小，首先扩展 5'，然后扩展 3'。但这当然是非常尴尬的。没有更直接的方法吗？请指教

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr <- resize(gr, fix='start', width=width(gr)+10)
gr <- resize(gr, fix='end', width=width(gr)+10)
gr

【问题讨论】：

标签： r bioconductor iranges

【解决方案1】：

GRanges 支持 - 和 + 等运算符

gr + 10

会成功的。

【讨论】：

【解决方案2】：

这很简单。您可以在GenomicRanges 中使用start 和end 函数。

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#       seqnames     ranges strand
#          <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#   [1]     chr1 [ 20,  29]      +
#   [2]     chr1 [120, 129]      +
#   -------
#   seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

start(gr) <- start(gr) - 10
end(gr) <- end(gr) + 10
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#      seqnames     ranges strand
#         <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#  [1]     chr1 [ 10,  39]      +
#  [2]     chr1 [110, 139]      +
#  -------
#  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

【讨论】：

当然。但是由于有很多函数可以改变范围（调整大小、缩小等），或者根据现有的（侧翼、启动器）定义新的范围，我希望有一个专门的函数能够完成这个相当简单但（我认为）非常有用的操作。

【解决方案3】：

三年后，但是……

一种直接的方法是使用带有 fix 参数的 GRanges 的 resize 方法：

gr <- resize(gr, width = width(gr)+(desired_size*2), fix = "center")

【讨论】：

【解决方案4】：

你可以使用flank:

gr <- flank(gr, width=10, both=TRUE)

【讨论】：