如何在 python 中可视化/绘制 SOM？答案

【问题标题】：how to visualize/plot SOM in python?如何在 python 中可视化/绘制 SOM？
【发布时间】：2018-02-21 09:41:18
【问题描述】：

我想为我的集群结果(this kind of map)创建一个映射。例如，这是我使用 SOM 生成的结果。

我的输入示例（基于 DNA 序列基序）：

主题 1 = 0.19,0.95,0.01,0,0.76,0,1.04,0,0,0.05,0,1,0,0,1,0

主题 2 =0,0,0,0,0,0,1,0.3,0.05,0.15,0.7,0.6,0.05,1.15,0.2,0.8

主题 3 =0.9,0,0,1.1,0,0,0,0.45,0.035,0,0.015,0.15,1.665,0,0.335,1.35

主题 4 =1,0,0,1.16,0.036,0,0.0032,0.4,0.294,0,0.025,0.04,1.5888,0.04,0.371,1.04

输出（在 python 中使用 SOM 运行）：用于训练输入的集群：主题 1 = 集群 1

主题 2 = 簇 2

主题 3 = 集群 1

主题 4 = 集群 1

节点 1 的权重： 1.366,0.951,0.819,0.919,0.812,0.688,0.802,0.622,0.999,0.574,0.618,0.803,0.880,0.721,0.741,0.963 节点 2 的权重： 1.366,0.951,0.819,0.919,0.812,0.688,0.802,0.622,0.999,0.574,0.618,0.803,0.880,0.721,0.741,0.963

【问题讨论】：

您只使用两个节点吗？如何绘制散点图或plt.imshow，其中每个节点代表 2D 网格上的一个点，颜色对应于该节点中的主要类？在 SUSI 包中，这称为 estimation_map，也许这有帮助：github.com/felixriese/susi/blob/master/examples/…

标签： python visualization som self-organizing-maps

【解决方案1】：

我一直在寻找相同的方法，但遇到了一个不错的选择。它被称为星爆图，位于名为 popsom 的 SOM 实现中，由 Lutz Hamel 博士和他以前的学生开发和维护。

Example of the graphical representation:

popsom for python

popsom for R

【讨论】：