如何在标题行与另一个文件中的列表匹配的文件中提取fasta序列？

Question

我是 Perl 的新手。我正在尝试从一个与另一个文件中的行匹配的文件中提取 fasta 序列。两个示例文件如下：

文件1.fasta：

>gene_44|105_nt|+|47540|47644 GTGCGCCGGCGCGTCGCGATCGCGAACCGGCCCGTGCGAATCCTGCCGCATGCGCGCCGCATCTCGCCACGCCGCGCATTTCATTTCGACATCCATAACGTCTGA

>gene_69|111_nt|+|75846|75956 ATGCCGTTGCCGTCGCGCATCGCGGCGGCCGTGCGCGGCGCGCATGCATACGCCGGCACGGCCGATGCGCGCGCGACGCGCAAACTGCACGCGGCGCGGGATTTGTGTTGA

>基因_88|177_nt|-|97993|98169
ATGCGCCAGCCGACGCACGCCCATTCCGGGCGAAACGTTCCCCTTATCCATTCGATCATCCGTGCCGCACTGCGCGAAGCGGCCACCGCCGACACGTACCAAACCGCGCTCGATGCGACCGGCGCGGCACTCGTCGCCATCGCGGCGCTCGTGCGCGCGGAGGTGCGGCATGGCTGA

>基因_90|141_nt|-|99016|99156
TTGGAAGGGCGCTTTCCGCGTGCGAGTCGTCTGACGCAGCGTTGCACGGTCTGGTCGAATCGCGAGCTTCATCGCTGGATGGCCGATCCGTTGAACTATCGCGCTGTCGACGCGGCGAACCAGACGACGGAGGGCGCGTAA

文件2.list：

somewordsinfront, >gene_44|somewordsattheback

blablabla，>gene_88|blablablablabla

我期望的输出如下：

>gene_44|105_nt|+|47540|47644 GTGCGCCGGCGCGTCGCGATCGCGAACCGGCCCGTGCGAATCCTGCCGCATGCGCGCCGCATCTCGCCACGCCGCGCATTTCATTTCGACATCCATAACGTCTGA

>基因_88|177_nt|-|97993|98169
ATGCGCCAGCCGACGCACGCCCATTCCGGGCGAAACGTTCCCCTTATCCATTCGATCATCCGTGCCGCACTGCGCGAAGCGGCCACCGCCGACACGTACCAAACCGCGCTCGATGCGACCGGCGCGGCACTCGTCGCCATCGCGGCGCTCGTGCGCGCGGAGGTGCGGCATGGCTGA

我怎样才能做到这一点？提前致谢！ :)

Answer 1

下次提问时，请出示你的代码，例如

use strict;
use warnings;

my @genes;

open my $list, '<file2.list';
while (my $line = <$list>) {
    push (@genes, $1) if $line =~ /[^>]+>([^|]+)/;

}
my $input;
close $list;
{
    local $/ = undef;
    open my $fasta, '<file1.fasta';
    $input = <$fasta>;
    close $fasta;
}
my @lines = split(/>/,$input);
foreach my $l (@lines) {
    foreach my $reg (@genes) {
        print ">$l" if $l =~ /$reg/
    }
}