fasta 文件标题行到列中答案

【问题标题】：fasta file header lines into columnfasta 文件标题行到列中
【发布时间】：2016-04-04 14:36:21
【问题描述】：

我有一个 fasta 文件，其中包含序列头及其对应的序列：

>ID101_hg19
ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19
AGCTTTAGCGGGGTACA

我想将标题行更改为序列旁边的另一个制表符分隔列。这是所需的输出：

>ID101_hg19    ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19    AGCTTTAGCGGGGTACA

关于如何完成这项任务的任何想法？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

使用 Sed，您可以这样做：

sed 'N;s/\n/\t/' file.txt

使用 awk，您可以执行以下操作：

awk '{getline a; printf("%s\t%s", $0, a);}' file.txt

【讨论】：

【解决方案2】：

对 SMA 的回答稍作修正...

awk '{getline a; printf("%s\t%s\n", $0, a);}' file.txt

添加换行符

【讨论】：

【解决方案3】：

通常，FASTA 文件中的每个标题行后面可以跟多行数据，因此可能需要处理这种情况。如果目标是将所有连续的数据线串在一起，那么以下内容就可以完成：

awk '/^>/ {if (prev) {print prev;}; prev=$0 "\t"; next}
     {prev=prev $0;} 
     END {print prev}'

另一方面，如果标头仅附加到一行数据，那么假设 $'...' 语法可用，则要使用的 sed 命令为：

sed $'/^>/ {N;s/\\n/\t/;}'

【讨论】：