R中的热图如何调整列标签的大小？答案

【问题标题】：heatmap in R how to resize columns labels?R中的热图如何调整列标签的大小？
【发布时间】：2012-10-26 13:09:34
【问题描述】：

我有一个大约 4000 行和 100 列的 data.matrix。我正在制作数据的热图，例如：

data<-heatmap(data_matrix,Rowv=NA,Colv=NA,col=cm.colors(256),scale="column",margins=c(5,10))

但我遇到的问题是列中出现的标签过于分组，因此无法正确可视化它们。如何调整热图的大小以便查看列标签的值？我试图以pdf格式打印它，但它只出现一条黑色条纹。谢谢

我包括一个热图图，我想看到的部分是右侧部分的标签，但它们靠得太近了。

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

首先，最好将输出直接放入 PDF 文件 - 您可以使用其他图像格式，但 PDF 是最好的，因为它是矢量输出，您可以随意缩放：

pdf("Your-file.pdf", paper="a4", width=8, height=8)

那么最好使用pheatmap( = pretty heatmap) 包。除了热图之外，它还可以使用颜色键制作更好的热图。最后，虽然pheatmap() 函数会在您有很多行时尝试减小标签大小，但是对于非常多的行它会失败。因此，我将下面的代码用于非常高但不太高的行数：

library(pheatmap)   
library(gplots)
if (nrow(table) > 100) stop("Too many rows for heatmap, who can read?!")
fontsize_row = 10 - nrow(table) / 15
pheatmap(table, col=greenred(256), main="My Heatmap", cluster_cols=F, 
         fontsize_row=fontsize_row, border_color=NA)

您可以更改fontsize_col 的列标签。您有许多有趣的选项，例如display_numbers，可以在热图的单元格内设置值。只需阅读?pheatmap。

这是pheatmap()命令默认参数生成的例子：

最后请注意，太多的行在显示器上很容易阅读，但对打印毫无用处。

【讨论】：

【解决方案2】：

在 Rstudio 中，您可以轻松调整图形窗口的大小，Rgui 也是如此。或者，如果您将绘图保存到文件中，您可以为图形使用更大的尺寸，例如调用pdf 或png 时更大的width 和height。

【讨论】：

我试过了，但没有结果。热图也不允许这些参数。你能举一个编码例子吗？谢谢
不幸的是，调整大小几乎不是解决方案。也没有导出。

【解决方案3】：

您可以使用 cexRow = 和 cexCol =。

您可以在 ??heatmap.2 中获取更多信息

# Row/Column Labeling
margins = c(5, 5),
ColSideColors,
RowSideColors,
cexRow = 0.2 + 1/log10(nr),
cexCol = 0.2 + 1/log10(nc),
labRow = NULL,
labCol = NULL,
srtRow = NULL,
srtCol = NULL,
adjRow = c(0,NA),
adjCol = c(NA,0),
offsetRow = 0.5,
offsetCol = 0.5,
colRow = NULL,
colCol = NULL

【讨论】：

【解决方案4】：

如果您使用 pheatmap (https://www.rdocumentation.org/packages/COMPASS/versions/1.10.2/topics/pheatmap)，您可以通过调整 cellheight 参数来展开这些标签。

如果您在 R 笔记本中执行此操作，即使在运行代码时整个热图不会显示在输出窗口中，但当您使用 filename 参数将热图保存到计算机时，热图会自动计算输出文件的最佳大小，以便您的整个热图将显示在输出文件中。如果您不喜欢这个大小，您可以使用width 和height 参数进行调整，但您不太可能想要这样做。

【讨论】：