如何调整 R 中 DoHeatmap 图中的簇大小（列）？答案

【问题标题】：How to adjust the cluster size (column) in DoHeatmap plot in R?如何调整 R 中 DoHeatmap 图中的簇大小（列）？
【发布时间】：2023-01-04 23:56:40
【问题描述】：

我想要一个来自 Seurat 对象 data 的热图图。要读取数据，我试过这段代码

visium_x22117 = Load10X_Spatial(data.dir = "~/PhD_Project_Moh_Huda/Dataset_files/X22117_Visium_scRNA/", filename = "X22117_filtered_feature_bc_matrix.h5")
suppressWarnings({visium_x22117 = SCTransform(visium_x22117, assay = "Spatial", verbose = FALSE)

visium_x22117})

为了得到下面的情节，我试过了

visium_x22117.markers %>%
group_by(cluster) %>%
top_n(n = 10, wt = avg_log2FC) -> top10
heatmap = DoHeatmap(visium_x22117, features = top10$gene)
heatmap

然而，该图看起来非常紧凑，簇 0 的列大小比其他簇大得多。我已经使用 ?DoHeatmap 检查了 DoHeatmap 的文档，但找不到调整大小以使绘图看起来更好的方法。我怎样才能让它更好？

【问题讨论】：

标签： r plot heatmap

【解决方案1】：

您可以将 theme 与来自 ggplot2 的 axis.text 一起使用，因为 DoHeatmap 返回一个 ggplot 对象。这是一个可重现的示例，用于更改轴标签的大小（您可以调整大小）：

library(Seurat)
#> Attaching SeuratObject
library(ggplot2)
data("pbmc_small")
p <- DoHeatmap(object = pbmc_small)
p

p + theme(axis.text=element_text(size=2))

^{创建于 2023-01-04 reprex v2.0.2}

【讨论】：