批量读取netcdf文件并平均一个变量答案

【问题标题】：Batch read netcdf files and average one variable批量读取netcdf文件并平均一个变量
【发布时间】：2013-04-11 18:20:34
【问题描述】：

我是新的 R 用户。我现在有 1979 年的每日 netcdf 数据，例如：
sm19790101.1.nc
sm19790102.1.nc
.
.
.
sm19791231.1.nc

我需要将一个名为“sm”的变量平均到每月分辨率。我现在可以这样做了：

glob2rx("sm197901*.1.nc")  
jan<-list.files(pattern=glob2rx("sm197901*.1.nc"),full.names=TRUE)

将所有 1 月份的数据移植到 jan，但我不知道如何打开每个文件并获取特定变量（我已经安装了 Rnetcdf 包）。如果我要手动执行此操作，则应该是：

s19790101<-open.nc("sm19790101.1.nc")  
sm19790101<-var.get.nc(s19790101,"sm",na.mode=0)

然后平均它们...

我想问题是如何读取带有变量（例如 01-31）作为文件名的一部分的文件，然后循环整个月。

【问题讨论】：

对不起。您用“批处理文件”标签标记了这个问题。您想要 Windows-DOS 批处理 .bat 文件解决方案吗？如果是，请发布每日文件的格式（内容）以及“sm”变量在其中的位置。如果没有，请从您的问题中删除“批处理文件”标签。

标签： r variables netcdf

【解决方案1】：

如果您有大量数据需要汇总，可以使用 NetCDF 算子工具http://nco.sourceforge.net/nco.html#ncra-netCDF-Record-Averager将每日数据汇总为月均值

ncra DAILY/sm197901[*].1.nc MONTHLY/sm197901.1.nc

【讨论】：

【解决方案2】：

看起来您可以将文件名组件“sm197901”、“天”、“.1.nc”粘贴在一起构造所需的文件名。

#make sure it has a leading 0
days = formatC(1:31, width=2, flag="0")
ncfiles = lapply(days, function(d){
    filename = paste("sm197901", d, ".1.nc", sep="")
    #print(filename)
    open.nc(filename)
})

【讨论】：

感谢 Kith 的及时帮助！那么在脚本的最后一部分，我应该在 open.nc() 中添加什么文件名？
filename 是一个包含构造文件名的变量。当您调用 open.nc(filename) 时，您将构造名称传递给函数。取消注释 print(filename) 行，它将打印出构造的文件名。
对，然后我想从列表中获取变量，例如：var.get.nc(ncfiles,"sm",na.mode=0) 但它说 class(ncfile)=="NetCDF" 不正确。看起来 ncfiles 是我们刚刚构建的文件列表，不能直接被 nc 文件操作符访问。
我问的原因是var.get.nc()只能读取open.nc()返回的“NetCDF”类对象
我不确定 var.get.nc 是否是矢量化函数。您是否尝试过 sapply(ncfiles, function(file){var.get.nc(file, "sm", na.mode=0)}) ？这会将 var.get.nc 函数应用于 ncfiles 列表的每个元素并返回结果。

【解决方案3】：

与 Dave 的 ncra 答案类似，您也可以使用 cdo 进行操作

cdo mergetime sm1979????.1.nc year.nc
# you only need this next step if there is more than one variable in the file:
cdo selvar,sm year.nc yearsm.nc  
cdo monmean year.nc month.nc

在某些系统上，打开文件的数量限制为 256 - 如果是这种情况，您可以将“mergetime”替换为“cat”，我认为它仍然可以工作，因为文件将按时间顺序列出。

【讨论】：