读取多个 netcdf 文件并在 R 中取平均值答案

【问题标题】：Read Multiple ncdf files and make average in R读取多个 netcdf 文件并在 R 中取平均值
【发布时间】：2015-02-27 17:40:28
【问题描述】：

通过使用 R ill 尝试打开包含 5 维空间和 15 个变量的 NetCDF 数据。 （计算变量在矩阵 1000X920 中）

这个问题实际上和之前的另一个问题看起来一样。

我从here 和others 那里得到了解释

起初我使用 RNetCDF 包，但经过一些试验，我发现包读取我的数据时不一致。使用 ncdf 包后终于更好了。

在单个文件中打开数据没有问题，但是在尝试循环在文件夹内的数百个数据中查找特定变量 （例如：var no 15） 后，程序是失败了。

>  days = formatC(001:004, width=3, flag="0") 
>  ncfiles = lapply (days,
> function(d){  filename = paste("data",d,".nc",sep="")
>       open.ncdf(filename) })

当我尝试使用这样的命令来处理特定变量时

> sapply(ncfiles,function(file,{get.var.ncdf(file,"var15")})

所以我的问题是，任何使用特殊变量读取所有 netcdf 文件然后在一帧中进行计算的解决方案。从我之前的解决方案无法在整个 netcdf 数据上生成变量 15。

感谢您对此问题的任何解决方案。

更新：

这是我做的最后一件事情

当我写作时

    library(ncdf)

files=list.files("allnc/",pattern='*nc',full.names=TRUE)

for(i in seq_along(files)) {
nc <- lapply(files[i],open.ncdf)
lw = get.var.ncdf(nc,"var15")
x=dim(lw)

rbind(df,data.frame(lw))->df }

我可以通过>nc获取所有netcdf数据

所以我如何自动获取具有新名称的变量数据，如 lw1、lw2...等我不能申请

var1 <- lapply(files, FUN = get.var.ncdf, variable = "var15")

然后我可以对所有数据进行计算。

我尝试的另一种技术是使用 RNetCDF 包 n 进行循环

# Declare data frame
df=NULL

#Open all files
files= list.files("allnc/",pattern='*.nc',full.names=TRUE)

# Loop over files
for(i in seq_along(files)) {
nc = open.nc(files[i])

# Read the whole nc file and read the length of the varying dimension (here, the 3rd dimension, specifically time)
lw = var.get.nc(nc,'DBZH')
x=dim(lw)

# Vary the time dimension for each file as required
lw = var.get.nc(nc,'var15')

# Add the values from each file to a single data.frame
}

我可以获取可变数据，但我只从我的所有文件 nc. 注意：我的数据名称示例（data20150102001.nc,data20150102002.nc.....等）

【问题讨论】：

我真的不确定我是否理解您的要求。但我强烈建议你看看 raster 包。读取所有文件，将它们堆叠起来（光栅可以自动为您完成！）并使用 stackApply() 或 calc() 或其他提供的函数执行您需要执行的计算。
谢谢，但是当我尝试循环我的变量数据时可能发现我的问题 > var1
你试试 ncdf4 包吗？
哦，我明白了，甚至没有尝试。好点了吗？

标签： r netcdf nco cdo-climate

【解决方案1】：

此解决方案使用 NCO，而不是 R。您可以使用它来检查您的 R 解决方案：

ncra -v var15 data20150102*.nc out.nc

就是这样。 NCO User Guide 中的完整文档。

【讨论】：

感谢查理，我希望仍然可以听到任何人的 R 解决方案

【解决方案2】：

您可以使用 CDO 的集成统计功能，但请注意，在某些系统上，文件数限制为 256：

cdo ensmean data20150102*.nc ensmean.nc

您可以用您选择的统计数据、max、std、var、min 等替换“mean”...

【讨论】：