在 R 中使用循环输出许多文件答案

【问题标题】：using a loop in R to output many files在 R 中使用循环输出许多文件
【发布时间】：2015-07-20 20:47:02
【问题描述】：

我的目标是通过循环函数运行名为“myname.output/”的文件夹中的所有文件，以生成多个 CSV 文件，每个文件分别为 myname1、myname2 .... 等

这就是我目前所拥有的

 sample_d <- list.dirs("myname.output/", recursive = F)


batch_process_samples <- function (sample_d) {
for (file in list.dirs("sample_d", full.names = T)) {    
    writef <- process_s(file)
    write.csv(writef "myname.csv") 
}
}

其中 process_s 是不同文件中的函数。

但是它不起作用... 我很确定我可以使用 sprintf 创建唯一的文件名，但我不确定如何，谢谢！

更多信息：如果我运行它分配给一个变量，该函数工作只是变量出来为空，但没有 R 错误。

【问题讨论】：

另外，我认为这只是您写问题时的拼写错误，但您在 write.csv 行中缺少逗号。

标签： r loops

【解决方案1】：

您的问题对我来说有点不清楚，但听起来您在为每次迭代获取唯一的输出文件名时遇到了麻烦。您可以使用basename 函数在每次迭代中从输入文件中删除相对路径，然后像这样粘贴一个新前缀：

write.csv(writef, file=paste("processed_",basename(file),sep=''))

【讨论】：

【解决方案2】：

也许这会指引你前进。

问题 #1 是 list.dirs() 中的第一个参数是硬编码字符串 "sample_d" 而不是变量 sample_d

问题 #2 是 process_s 可能是我没有的一些功能，因此无法直接提供帮助。所以我通过在文件名后面加上“XX”来创建一个玩具处理示例

sample_d <- list.dirs("myname.output/", recursive = F)

batch_process_samples <- function (sample_d) {
    for (file in list.dirs(sample_d, full.names = T)) { # <== Problem #1 here   
    writef <- paste0(file, "XX")                   #   <== Problem #2 here 
  print(writef)                                    #   <== results out 
    }
}

batch_process_samples(sample_d)

【讨论】：

【解决方案3】：

您可以使用粘贴创建唯一的文件名。这对我有用：

sample_d <- list.files("myname.output/", recursive=F)

i <- 0
batch_process_samples <- function(file_list) {
  for(file in file_list) { 
    i++
    writef <- data.frame(read.csv(file))
    write.csv(writef, file = paste0("myname",i,".csv"))
  }
}

batch_process_samples(sample_d)

如果您正在阅读文件，则需要list.files() 而不是list.dirs()。

【讨论】：