【发布时间】：2013-06-29 10:29:09
【问题描述】：
我正在使用 Cufflinks 高通量测序数据的 R 可视化包 cummeRbund。
我想创建一个基因集，以便能够分析我感兴趣的差异表达基因。 这就是手册的建议：
> data(sampleData)
> myGeneIds<-sampleIDs
> myGeneIds
[1] "XLOC_001363" "XLOC_001297" "XLOC_001339" "XLOC_000132"
[5] "XLOC_001265" "XLOC_000151" "XLOC_001359" "XLOC_000069"
[9] "XLOC_000170" "XLOC_000105" "XLOC_001262" "XLOC_001348"
[13] "XLOC_001411" "XLOC_001369" "XLOC_000158" "XLOC_001370"
[17] "XLOC_001263" "XLOC_000115" "XLOC_000089" "XLOC_001240"
> myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)
其中 sampleIDs 是“gene_id”或“gene_short_name”值的向量，用于识别我希望选择的基因。
我用我的基因制作了一个普通的 .txt 文件，如下所示：
"XLOC_000012"
"XLOC_000033"
"XLOC_000071"
"XLOC_000080"
"XLOC_000081"
"XLOC_000102"
"XLOC_000105"
"XLOC_000113"
"XLOC_000156"
"XLOC_000191"
"XLOC_000212"
"XLOC_000229"
"XLOC_000230"
"XLOC_000241"
"XLOC_000242"
"XLOC_000293"
"XLOC_000294"
"XLOC_000328"
"XLOC_000356"
"XLOC_000398"
"XLOC_000417"
"XLOC_000434"
"XLOC_000442"
etc...
然后，在 R 中，我运行以下命令：
myGeneIds<-read.table("my txt file")
myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)
> myGenes
CuffGeneSet instance for 1 genes
而我得到的只是对txt文件中第一个基因的分析。但是我的txt文件里有577个基因。
如何使用我的gene_id 制作载体以使cummeRbund 正常工作？
【问题讨论】：
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getGenes 需要一个向量，但如果我没记错的话，即使您的文本文件只有一列，read.table 也会返回一个 data.frame。试试：
myGeneIds<-read.table("my txt file") myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds[ ,1]) -
谢谢！效果很好！
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我已将我的评论添加为答案，以防您想接受它；）
标签： r vector bioinformatics