R : TUKEY 跟随单向方差分析答案

【问题标题】：R : TUKEY following one-way ANOVAR : TUKEY 跟随单向方差分析
【发布时间】：2017-02-02 22:07:23
【问题描述】：

我在 R 中进行了单向方差分析，但是当我尝试执行 Tukey 事后分析以查看哪些处理彼此不同时，我不断收到错误消息。（我希望对结果进行排名（a、ab、b、bcd...等）

数据详情：

数据 = "abh2"

x = 6 次治疗：“治疗”

y= 水分读数“潮湿”（每次处理 n=63，总计 =378）

我运行了单向方差分析：

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

.# RESULTS 表明我可以转移到事后 (p

Analysis of Variance Table

Response: moist
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
treatment   5 1706.3  341.27  25.911 < 2.2e-16 ***

我选择了 Tukey HSD 并尝试使用 2 种方法运行它，但都收到了错误消息：

内置 R 函数：

TukeyHSD(anov)
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

Agricolae 包装：

    HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE)
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) :
argument "MSerror" is missing, with no default

我发现 MSerror 是

1) 一个“# Old version HSD.test()”（不过我刚刚更新了agricolae包）

2) MSerror

所以我尝试了：

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE)
 *but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

谁能帮我从这里继续前进？这似乎是一个非常简单的问题，但我已经花了几个小时来解决这个问题！

非常感谢:)

【问题讨论】：

标签： r package anova tukey

【解决方案1】：

尝试使用以下代码将您的治疗指定为一个因素：

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)

【讨论】：

【解决方案2】：

感谢 Annie-Claude 的反馈，这让我走上了正确的道路，即 R 没有按照应有的方式识别数据。

我用这段代码解决了这个问题：

library(agricolae)

model<-aov(moist~treatment, data=abh2)

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

看来，我最初使用的 ANOVA 命令（来自 R 基础包）根本无法被我后来尝试执行的 Tukey 测试（使用 agricolae 包）理解。

给我的重要信息：尝试在同一个包中进行相关的一系列分析！

附言要获得 p 值：

summary(model)

它们可以像这样转换为数据框：

as.data.frame(摘要(模型)[[1]])

【讨论】：