无法安装 rvest 包答案

【问题标题】：unable to install rvest package无法安装 rvest 包
【发布时间】：2015-09-09 14:41:21
【问题描述】：

我需要为 R 版本 3.1.2 (2014-10-31) 安装 rvest 包

我收到以下错误：

    checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** stringi cannot be built. Upgrade your C++ compiler's settings
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringi’
ERROR: dependency ‘stringi’ is not available for package ‘stringr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/httr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘selectr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/selectr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘selectr’ are not available for package ‘rvest’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/rvest’

关于如何安装 R 包 rvest 的任何想法？

【问题讨论】：

您是从 CRAN 安装的吗？你使用的命令是什么？
install.packages("rvest")
您是否尝试更新the C++ compiler supports the long long type？
@AaronKatch，我不知道该怎么做
由于您使用的是过时版本的 R，您需要从与旧版本匹配的包版本进行编译，并且您需要使用 R 的开发版本和支持工具因为在基本分布中有时会缺少标头。

标签： r rvest

【解决方案1】：

我的系统是带有 R:3.2.3 的 Ubuntu 14.04，我遇到了同样的问题。

然后我检查了 err meg 并尝试安装 libcurl4-openssl-dev 和 libxml2-dev 库：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

sudo apt-get install libxml2-dev

安装后install.packages("rvest")成功。

【讨论】：

这是 rvest 不是 vrest

【解决方案2】：

当我尝试在全新安装的 Ubuntu 18.04 上的 Rstudio 版本 1.1.456 中安装 tidyverse, DESeq2, RUVSeq 时，我需要诸如 Rcurl, XML, rvest, xml2 之类的依赖项。无论如何，有一堆缺失的依赖项。这个答案可能更适合作为 Ubuntu 18.04 的评论，但我没有那么多声誉。因此，这里只是尝试对适用于 Ubuntu 18.04 的解决方案进行总结。
在终端中，运行：

 sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev
 sudo apt-get install libxml2-dev

然后在Rstudio内，

install.packages("xml2")
install.packages("rvest")
install.packages("tidyverse")  # might need other dependencies installed in Rstudio

得到tidyverse！
在终端：

sudo apt-get install libmysqlclient-dev  ## for RMySQL

然后在Rstudio内

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")
biocLite('RUVSeq')             ## might have messages as following

installation path not writeable, unable to update packages: cluster, foreign, MASS, Matrix, mgcv, nlme, survival

在终端中：

sudo R                      ## give R the root permission
## in the R session within the terminal
pks <- c('cluster', 'foreign', 'MASS', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'survival')
install.packages(pks)
q()

这是我自己的经验。希望这个有很好的通用性。

【讨论】：

【解决方案3】：

我能够像这样构建 stringi 包：

install.packages('stringi', configure.args='--disable-cxx11')

【讨论】：

很好，但是使用 stringi 提交票证，因为它应该（理想情况下）在发现编译器不足时自动执行此操作。

【解决方案4】：

我对这个问题的回答肯定迟到了。不过，有人可能会觉得它很有用。

我遇到了同样的问题，所以我在 shell 上运行这个命令：

sudo apt-get upgrade pkg-config

它对我有用。

【讨论】：