在 R 中创建具有 2 种不同颜色等级的热图

【问题标题】：Creating a heatmap with 2 different grades of colour in R在 R 中创建具有 2 种不同颜色等级的热图
【发布时间】：2020-05-15 09:33:57
【问题描述】：

我有以下数据设置用于在 R 中创建热图：

dat = data.frame(A=c(2,3,0,1), B=c(1,4, 1,0), C=c(4,0,1,1), D=c(2,0,0,4))
rownames(dat) <- c("SKy", "Ing", "Lowl", "embow")
dat.mat = as.matrix(dat)
heatmap(dat.mat, Colv = NA, Rowv = NA)

输出：

如热图输出所示，从淡奶油色到酒红色/酒红色的颜色分级以突出显示值 0 到 6。我需要帮助让红色渐变覆盖 A 列中的值 0 到 6 和B，以及渐变的绿色阴影以覆盖 C 和 D 列中的值 0 到 6。

有人可以帮忙吗？

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

我真的不确定这是否有帮助，但它至少可以为您指明某个方向。您可以定义两种配色方案，一种用于 cols A 和 B，一种用于 C 和 D，例如：

myCol_AB <- c("orange", "orangered", "red", "firebrick")
myCol_CD <- c("aquamarine", "chartreuse", "green", "green4")

在对heatmap 的调用中，您可以插入一个ifelse 语句，将myCol_AB 分配给cols A 和B，将myCol_CD 分配给C 和D：

heatmap(dat.mat, Colv = NA, Rowv = NA, 
        col = ifelse(dat.mat[, 1:2], myCol_AB, myCol_CD))

【讨论】：