具有五种不同颜色的热图颜色键答案

【问题标题】：Heatmap color key with five different colors具有五种不同颜色的热图颜色键
【发布时间】：2012-07-29 22:32:09
【问题描述】：

我有以下代码，但不知道如何使用它来显示带有颜色键的热图，该颜色键显示代表定义值的五种不同颜色：

hm <- heatmap.2(data_matrix, scale="none",Rowv=NA,Colv=NA,col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")),margins=c(5,5),cexRow=0.5, cexCol=1.0,key=TRUE,keysize=1.5, trace="none")

需要颜色键：

<0.3 (blue)

0.3-1 (green)

1-1.3 (yellow)

1.3-3.0 (orange)

>3.0 (red)

如果有人可以提供帮助，我会很高兴。谢谢！

詹姆斯

【问题讨论】：

是 R。我不确定他是否可以与 rep 1 一起编辑或评论...
@JohanLundberg 我认为这些代表限制不适用于您自己的问题（或您自己问题的答案）。
顺便说一句，我不认识heatmaps.2 函数，所以我在RSeek 上搜索了它。 first hit 可能会回答你的问题。
@joran，我认为对于 cmets 他们是...
@JohanLundberg 不，他们dont't。

标签： r heatmap

【解决方案1】：

require(gplots)
require(RColorBrewer)

## Some fake data for you
data_matrix <- matrix(runif(100, 0, 3.5), 10, 10)

## The colors you specified.
myCol <- c("blue", "green", "yellow", "orange", "red")
## Defining breaks for the color scale
myBreaks <- c(0, .3, 1, 1.3, 3, 3.5)

hm <- heatmap.2(data_matrix, scale="none", Rowv=NA, Colv=NA,
                col = myCol, ## using your colors
                breaks = myBreaks, ## using your breaks
                dendrogram = "none",  ## to suppress warnings
                margins=c(5,5), cexRow=0.5, cexCol=1.0, key=TRUE, keysize=1.5,
                trace="none")

这应该可以，如果您愿意，可以为您提供一些关于如何进一步编辑它的想法。要获得具有您确切值的图例，我不会打扰内置直方图，而是只使用legend：

hm <- heatmap.2(data_matrix, scale="none", Rowv=NA, Colv=NA,
                col = myCol, ## using your colors
                breaks = myBreaks, ## using your breaks
                dendrogram = "none",  ## to suppress warnings
                margins=c(5,5), cexRow=0.5, cexCol=1.0, key=FALSE,
                trace="none")
legend("left", fill = myCol,
    legend = c("0 to .3", "0.3 to 1", "1 to 1.3", "1.3 to 3", ">3"))

【讨论】：

感谢您的帮助，舒亚。不知何故，颜色键中的颜色与预期的值不匹配；黄色根本没有出现在颜色键中。
非常感谢，Shujaa。那是完美的解决方案。 legend() 非常适合我的需要。非常感谢您的帮助！！！