R：找到产生 S4 插槽输出的源代码？

【问题标题】：R: finding the source code that produces the output for S4 slot?R：找到产生 S4 插槽输出的源代码？
【发布时间】：2013-01-17 02:41:43
【问题描述】：

大家好，

当 'lme4' 中的 'lmer' 函数运行时，它会生成一个带有很多插槽的 S4 对象。我对这些插槽之一感兴趣，即模型@X，以及如何产生这个“X”插槽输出。我想尝试为我正在使用的不同模型函数（glmmPQL）重现这个输出，它不会自动产生这个'X'输出（仅供参考'lmer'产生一个类'mer'的对象，插槽'X'是一个模型固定效应的矩阵）。 下面的代码显示了我在说什么。

我想弄清楚这个“X”数据是如何产生的？我通过在没有'()'的终端中编写'lmer'的代码来查看它，但我在那里找不到任何东西。我也试过 showMethod('lmer') 但它说 function 'lmer': .

只是想知道是否有办法获取“X”插槽（或 S4 对象中的任何插槽）正在做什么的源代码？或者有谁知道如何重现这个？非常感谢您的帮助和时间。

    library(lme4)
    # here is a quick example of what I am looking at using the cake dataset in the 'lme4' package
    m <- lmer(cakeglmm<- lmer(angle ~ temp + recipe + (1| replicate), family = gaussian, data = cake)

    slotNames(m)
    head(m@X)

【问题讨论】：

您可以在 CRAN 获取每个 R 包的源代码，包括核心。

标签： r s4 slot lme4 lmer

【解决方案1】：

打印lmer 开始时还不错。这不会显示m@X 的设置位置，但您可以看到lmer 调用了哪些方法。

lmer 中的方法可以使用lme4:::methodName 访问。

如果您查看lme4:::lmer_finalize 内部，您会看到（释义）：

ans <- new(Class = "mer", ..., X = fr$X, ...)

这就是@X 插槽被填充的地方。备份lmer，您会看到fr 来自lme4:::lmerFrames，具体而言fr$X 的计算公式为：

X <- if (!is.empty.model(mt)) 
    model.matrix(mt, mf, contrasts)
else matrix(, NROW(Y), 0)

【讨论】：