R S4 最佳实践：带有“S4 对象向量”的插槽答案

【问题标题】：R S4 best practice: slot with "vector of S4 objects"R S4 最佳实践：带有“S4 对象向量”的插槽
【发布时间】：2014-11-07 10:53:25
【问题描述】：

如何正确地做到以下几点：

我有一个带有插槽 parentSpectrum、childSpectra、名称的类 SpectraSet（为了简单起见）

名字是字符()

parentSpectrum 应该包含一个 ParentSpec 类的对象（所以它是 ParentSpec 类型）

childSpectra 应该包含 n 个 ChildSpec 类的对象。但是我不能使它成为 ChildSpec 类型，因为向量只能包含原子类型。在这种情况下，最佳做法是什么？我可以将其设为 list() 并在有效性检查中键入检查，但有更好的方法吗？

【问题讨论】：

标签： r s4 slot

【解决方案1】：

这是我过去提供的related anaswers。

重新考虑类设计通常会更好，因此 ChildSpec 本质上是一个向量——至少支持 length() 和子集 [, [[。你上面的问题就消失了，设计与 R 的矢量化方向一致，并且可能常见的操作是有效的。

实现您自己的类型检查列表的替代方法（实际上是另一种替代方法）是重用 Biocdonductor 的 S4Vectors 类中的基础架构

.X = setClass("X", representation(x="numeric"))
.XList = setClass("XList", contains="SimpleList",
    prototype=prototype(elementType="X"))

在行动中

> xl = .XList(listData=list(.X(x=1), .X(x=2)))
> xl
XList of length 2
> xl[[2]]
An object of class "X"
Slot "x":
[1] 2

【讨论】：

嗯 - 不确定在我的情况下这种方法（考虑 ChildSpectra 而不是 ChildSpectrum）是否可行，因为我从另一个包（MSnbase Spectrum2）中的现有 Spectrum 类派生 ChildSpec。此外，每个频谱已经是多个 n 长度向量（可以导出为数据帧）加上额外的 1 长度属性的对象。我仍然需要解决这个问题。