如何使用另一个带有循环的作业提交连续的 bash 作业答案

【问题标题】：How to submit consecutive bash jobs using another job with a loop如何使用另一个带有循环的作业提交连续的 bash 作业
【发布时间】：2020-02-05 10:09:07
【问题描述】：

我必须对 29 条染色体进行定相（使用 shapeit 软件），所以如果一个可以发送一个调用另一个的作业，文件名相同，只更改染色体编号，那就太好了。示例 phase.sh

#!/bin/bash
shapeit \
-P chr_1.ped chr_1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O chr_1.phased

我需要类似其他工作的东西来称呼它

#!/bin/bash
for chr 1...29 
sbatch --phase.sh 
done

非常感谢

【问题讨论】：

你能澄清一下脚本的哪一部分改变了吗？
我不知道如何做第二个 bash 工作（for..），在第一个工作中，我猜应该不是“chr_1.ped chr_1.map”像 "chr_.ped chr_.map" 表示它适用于所有染色体。谢谢！

【解决方案1】：

假设您可以将第一个脚本更改为类似

#!/bin/bash
shapeit \
  -P "$1".ped "$1".map \
  --duohmm \
  --rho 0.01 \
  -O "$1".phased

然后调用它sbatch（或者是phase.sh？），然后你可以调用它

for chr in {1..29}; do
  sbatch --phase.sh "chr_$chr"
done

当然，更好的设计可能是更改第一个脚本以在您传递的参数上运行循环；

for chr; do
  shapeit \
    -P "$chr".ped "$chr".map \
    --duohmm \
    --rho 0.01 \
    -O "$chr".phased
done

然后像这样称呼它

thatscript chr_{1..29}

【讨论】：

【解决方案2】：

您的phase 脚本可以通过这种方式更改：

#!/bin/bash
shapeit \
-P $1.ped $1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O $1.phased

你可以这样调用它：

#!/bin/bash
for chr in $(seq 1 29)
do
phase.sh chr_$chr
done

【讨论】：