如何让 nextflow 使用特定节点的 tmp 目录？

Question

我必须并行运行多个 nextflow 管道，但是这样做会使 tmp/ 目录阻塞。明显的原因是，虽然有 30 个不同的节点可用于大型 tmp/ 目录，但 nextflow 只使用第一个，它很快就会被填充，因此会抛出“空间不足”错误。

我尝试的是从一个特定的计算节点运行每个 nextflow 管道，但是如何让它只使用这个特定节点的 tmp/？

Answer 1

scratch 指令将允许您在执行节点本地的临时文件夹中执行一个或多个进程。如果你的临时目录是由$TMPDIR 环境变量定义的，你可以使用：

process myprocess {

  scratch true

  """
  <your script here>
  """
}

如果您的临时目录是由其他变量定义的，请确保它用单引号括起来：

process myprocess {

  scratch '$TEMP_DIR'

  """
  <your script here>
  """
}