如何在 Nextflow 中指定临时输出目录？

Question

我已经开始阅读 Nexflow 的文档，found that 可以指定一个scratch 目录来执行。一旦任务完成，one can usestageOutMode 指令将输出文件从scratch 复制到storeDir。

要复制的输出文件由output 指令指定。我的问题如下：是否可以将整个目录指定为输出，以便将它们从scratch 递归复制到storeDir？如果有，怎么做？

Answer 1

默认情况下，path output qualifier 将递归捕获进程输出（文件、目录等）。您需要做的就是在输出声明中指定（顶级）目录，如下例所示：

nextflow.enable.dsl=2

process test {

    scratch '/tmp/my/path'

    stageOutMode 'copy'

    storeDir '/store/results'

    input:
    val myint

    output:
    path "outdir-${myint}"

    script:
    def outdir = "outdir-${myint}/foo/bar/baz"

    """
    mkdir -p "${outdir}" 
    touch "${outdir}/${myint}.txt"
    """
}

workflow {

    ch = Channel.of( 1..3 )

    test(ch)
}

设置stageOutMode 指令只会改变输出文件从临时目录转移到工作目录 的方式。 IE。此指令不会更改将流程结果暂存到 storeDir 目录的方式。

storeDir 指令更改了输出声明中列出的文件的最终结果，以便将它们从工作目录移动到指定的 storeDir 目录。