如何使用 Python 脚本将 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB)？答案

【问题标题】：How can I convert JSON data to Protein Data Bank (PDB) using Python script?如何使用 Python 脚本将 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB)？
【发布时间】：2020-07-30 19:37:17
【问题描述】：

我想使用 Python 脚本将我的 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB) 格式。我能够将它们转换为 CSV，但是我无法将它们转换为 PDB 格式。将 JSON 数据或 CSV 转换为蛋白质数据库 (PDB) 的任何帮助将不胜感激？谢谢。

【问题讨论】：

biocomp.chem.uw.edu.pl/A3D/tutorial_txt 也可以看看这个网站。
JSON 和 CSV 是非常通用的数据格式，您应该提供一个示例来说明您要转换的内容，以及您对最终结果的最佳猜测。蛋白质数据库听起来像是一种特定领域的格式。大多数知道 JSON 和 CSV 是什么的人都不会熟悉它。
PDB 格式示例cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html

标签： python json

【解决方案1】：

您可以使用PDB Tools

否则，我认为没有 python 库可以执行此任务。您将需要使用来自 https://convertio.co/xls-pdb/ 之类的网站的在线 API。他们的 api 在https://developers.convertio.co/。我刚刚看到它没有简单的 python 访问，只有 cli 支持。因此，在这种情况下，您需要通过子进程运行 api 请求。

编辑：

阅读： Pandas Multiindexed DataFrame

可以将 csv 加载到 pandas 中并转换为制表符分隔的表格。看到这个Link 1 Link 2就在说这个了。

df = pd.read_csv(...)
df.to_csv("myfile.pdb" , sep="\t")

可能会奏效。如果这失败了，那么 df.to_csv("myfile.csv" , sep="\t") 并从 .csv 重命名为 .pdb 可能会起作用。

查看此 biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec177。否则剩下的唯一选择是在记事本文件中手动制作所有这些缩进（可以通过编程方式完成），然后将其保存为 .pdb

【讨论】：

感谢您的回答。我确实尝试了在线转换器。但它没有用。输出的格式不正确。
感谢您的帮助。我试过你的解决方案。但是我仍然没有得到 pdb- 标准格式。那是我用来将 json 转换为 csv 的代码：import pandas df= pandas.read_json("json_file.json") df.to_csv("csv_file.csv")
biopython.org/wiki/Documentation 如果这些人有什么要给你的，你能看看这里吗？
我认为向这些人寻求帮助是个好主意，因为您的问题与该域有关。加入他们的邮件列表或在 github 上发布功能请求。
看看这个biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec177。否则剩下的唯一选择是在记事本文件中手动制作所有这些缩进（可以通过编程方式完成），然后将其保存为 .pdb