如何修复 GROMACS 错误“没有这样的分子类型 SOL”？答案

【问题标题】：How to fix GROMACS error 'No such moleculetype SOL'?如何修复 GROMACS 错误“没有这样的分子类型 SOL”？
【发布时间】：2021-09-13 20:20:40
【问题描述】：

我正在尝试复制本教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/04_ions.html，但使用了不同的蛋白质。

在添加离子的步骤中（使用 genion 生成 ion.tpr 文件）我得到“没有这样的分子类型 SOL”。当我在分子类型部分添加 SOL 时，我得到'分子类型'蛋白质'没有原子'。

感谢任何帮助！

我提供了 topol.top 文件的相关部分。

[原子类型] ;name bond_type 质量电荷 ptype sigma epsilon Amb ...

[分子类型] ;名称nrexcl 蛋白质3

[原子] ... ...

[系统] 水中的蛋白质

[分子] ;复合 nmols 蛋白质 1
SOL 53832

【问题讨论】：

标签： chemistry

【解决方案1】：

关于 SOL 错误-您的 topol.top 似乎没有水拓扑文件。在 topol.top 中的任意位置添加行并从分子类型部分中删除 SOL。 #include "oplsaa.ff/spce.itp"

关于蛋白质错误 - 检查您的 *.gro 文件中是否包含 1 个蛋白质分子和 53832 个水分子。我怀疑你的 *.gro 文件没有蛋白质分子并且只装满了水。确保 topol.top 中的分子数应与 *.gro 文件中的相同。

【讨论】：