使用 R 包“igraph”清理图形

【问题标题】：Cleaning a graph with R package "igraph"使用 R 包“igraph”清理图形
【发布时间】：2015-03-10 10:27:03
【问题描述】：

我需要在 R 中“清理”一个图表。通过清理，我的意思是我需要删除所有未与特定节点链接的节点。例如，如果在我的图中有 4 个节点，有这些边：

1 到 3
1 到 2
4 到 2

我只想保留与边 1 链接的节点加上边 1 本身，所以说我需要删除边 4。

有没有什么方法可以用 igraph 构建一个算法来处理非常非常大的图（比如超过 1000 个节点和 1 000 000 条边）？

【问题讨论】：

标签： r graph igraph

【解决方案1】：

使用subcomponent 和induced.subgraph：

edges_df <- data.frame(from = c(1, 1, 4), to = c(3, 2, 2))
g1 <- graph.data.frame(edges_df, directed = TRUE)

g2 <- induced.subgraph(g1, subcomponent(g1, "1", mode = "out"))

至于“大”图：1000 并不是那么大。在我的笔记本电脑上：

system.time({
  g3 <- graph.full(n = 1000, directed = TRUE)
  g4 <- induced.subgraph(g3, subcomponent(g3, "1", mode = "out"))
})
# user  system elapsed 
# 0.47    0.10    0.57

【讨论】：