igraph R中的树形图格式

【问题标题】：Tree graph formatting in igraph Rigraph R中的树形图格式
【发布时间】：2017-09-26 23:18:03
【问题描述】：

我的网络数据如下：

library(igraph)

dnode<-c("a","b","c","d","e","f","g","h","i","j","k")

dedge<-data.frame("From"=c("a","b","c","d","e","f","f","f","f","f"), "To"=c("f","f","f","f","f","g","h","i","j","k"))

当我在 R 中绘制它时，我编写代码如下：

net <- graph_from_data_frame(d=dedge, vertices=dnode, directed=T)

l<- layout_as_tree

plot(net, vertex.shape="square", layout=l, edge.arrow.mode=2, edge.arrow.width=2, edge.arrow.size=0.1)

我得到这样的输出：

我想要这样的输出：

【问题讨论】：

标签： r tree igraph

【解决方案1】：

尝试使用 Sugiyama 布局。语法与其他布局有点不同。不是将网络传递给plot，并将布局传递给layout 参数，而是传递layout$extd_graph 而不传递布局参数。我发现 Sugiyama 布局在使用分层布局时更加灵活。

l <- layout_with_sugiyama(net)
plot(l$extd_graph, 
     vertex.shape="square", 
     vertex.label=as_ids(V(net)),
     edge.arrow.mode=2, 
     edge.arrow.width=2, 
     edge.arrow.size=0.1)

【讨论】：

非常感谢，真的帮了大忙。
如何增加两个顶点之间的空间。在上面的例子中，我们有 5 个向上和 5 个向下的顶点。当我尝试绘制 25-30 个顶点时，它们会相互重叠并且不可见。如果我使用“hgap”，它只接受两个值 0 或 1。