字符串 B 在 A 的子串中的最佳对齐方式——生物信息学答案

【问题标题】：Best Alignment of String B in a Substring of A -- Bioinformatics字符串 B 在 A 的子串中的最佳对齐方式——生物信息学
【发布时间】：2013-12-24 16:21:51
【问题描述】：

我有两个字符串 A 和 B，比方说

A = AATCGGATATAG
B = CGATA

有些人可能知道两种对齐方式：

但我想实现一个对齐方式，它采用 A 的 best 整个子字符串，如果与 B 对齐，则产生最佳对齐方式

例如：

A,B -- Alignment algorithm --> AATCGGATATAG 
                                  CG-ATA

到目前为止，我一直在使用Smith-Waterman Algorithm

有人知道解决这个问题的任何建议吗？

提前致谢！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

Smith-Waterman 仍然是您应该使用的算法。为了使完整序列对齐，您应该将空位罚分更改为 0。这将使 S-W 优先考虑空位而不是错配，并添加尽可能多的空位以包含整个序列。

例如，使用标准核苷酸 4.4 替换矩阵将空位罚分设置为 0 将进行此对齐：

A =  AATCGGATATAG
B =     C-GATA

【讨论】：